خبرگزاری حکومتی ایلنا، ۱۵ شهریور ۸۸؛ محمد شریف، وکیل مدافع محمد ملکى، گفت موکل او به اتهام « به اتهام ارتباط با یکى از سازمان‌هاى غیرقانونى و به استناد ماده ۱۸۶ قانون مجازات اسلامى» به محاربه متهم شده است. محمد ملکی, نخستین رئیس دانشگاه تهران پس از پیروزى انقلاب ضد سلطنتی از مهمترین چهره های فرهنگی به شمار می رود که در جریان رویدادهاى پس از انتخابات در ایران بازداشت شدند. دکتر محمد ملکی، ۷۶ ساله در اواخر مرداد ماه ۱۳۸۸ بازداشت شد. او به بیماری سرطان پروستات و دیابت مبتلاست و از نارسایی قلبى رنج می برد.
محمد ملکی، در تاریخ ۱۰ اسفند، پس از تحمل ۱۹۱ روز زندان با پرداخت وثیقه صد میلیون تومانى آزاد شد.
محمد شریف، وکیل دکتر ملکى در باره پرونده او گفته است: «طبق کیفرخواست صادره موکلم به اتهام ارتباط با یکى از سازمان‌هاى غیرقانونى و به استناد ماده ۱۸۶ قانون مجازات اسلامى به محاربه متهم شده است». آقای شریف همچنین گفت موکلش به اتهام های دیگری مثل «توهین به آیت الله خمینی و آیت الله خامنه ای و نیز تبلیغ علیه نظام» متهم است.
به گفته محمد شریف زمان رسیدگی به پرونده دکتر ملکی ۲۴ فروردین ۷۹ می باشد. محمد شریف ابراز امیدواری کرد با توجه به وخامت وضع جسمانى محمد ملکی، او بتواند در روز اعلام شده در دادگاه حاضر شود.
دکتر محمد ملکى پیشتر در سال ۱۳۶۰ بازداشت شد و پنج سال را در زندان گذراند. او آن زمان رئیس دانشگاه تهران بود و از مخالفان انقلاب فرهنگی و تعطیلی دانشگاه ها به شمار می رفت. آقای ملکی یک بار دیگر نیز در سال ۱۳۷۹ به همراه شماری از نیروهاى ملى‌ مذهبى دستگیر و بازداشت شد.
دکترمحمد ملکی نخستین رئیس دانشگاه تهران بعد از پیروزی انقلاب ضدسلطنتی بود که برای اولین بار نظام مدیریت شورایی را در دانشگاه تهران برقرار کرد. به دلیل مخالفت و با کودتای ارتجاعی خمینی علیه دانشگاهها به نام انقلاب فرهنگی مخالفت کرد.  در تیرماه ۱۳۶۰ بدون ارائه مجوز و ذکر اتهام بازداشت شد و مدت ۵ سال را در سخت ترین شرایط و شکنجه‌ها در زندان به سر برد.
دکتر ملکی از زمان آزادی از زندان در ۲۱ مرداد ۱۳۶۵ تا کنون ممنوع الخروج بوده و امکان حضور در سمینارها و جلسات تحقیقی در زمینه تخصصی و علمی خود در خارج از کشور را نداشته‌است و پس از آن نیز چندین بار دستگیر شده است.
دکتر ملکی در پی انتخابات قلابی ریاست جمهوری (خرداد ۱۳۸۸), به مخالفت با این انتخابات پرداخت. در تاریخ شنبه ۳۱ مرداد ۱۳۸۸، پنج مامور که خود را "ماموران اطلاعات" معرفی کرده و گفته بودند از قاضی حداد، معاون دادستان تهران حکم دارند وی پس از تحمل ۱۹۱ روز حبس، در روز دوشنبه مورخ ۱۰ اسفند ۱۳۸۸ با قرار کفالت آزاد شد. او به دلیل بیماری حاد، چندین بار در طول مدت حبس خود بستری شده است. به گفته همسر آقای ملکی، او به سرطان پروستات مبتلاست و از بیماری دیابت و نارسایی های قلبی نیز رنج می برد و عملا در منزلش بستری بوده است.