به‌یقین مهم‌ترین بحرانی که دیکتاتوری خامنه‌ای با آن روبرو می‌باشد، همان وجود "عدم مشروعیت" نه‌تنها در میان آحاد مردم به‌جان‌آمده بلکه حتی در درون حاکمیت و بخش‌های بزرگی از طلاب و آخوندها می‌باشد.

این وضعیت برای یک دیکتاتور عنان‌گسیخته که محور و ستون اصلی نظامش را بر « سرکوب و تروریسم و صدور بنیادگرایی » استوار کرده است ، به حدی است که به گفته بسیاری از کارشناسان به‌هیچ‌وجه قابل جبران و جلوگیری از روند آن نمی‌باشد.

تازه‌ترین سخنان ولی‌فقیه طلسم شکسته که اکنون با خیز بزرگ مردم ایران برای تغییر و دگرگونی روبرو گردیده، خود بهترین ادله بر این وضعیت لرزان، حتی در حوزه‌های علمیه علیه وی می‌باشد.
خامنه‌ای در این رابطه اعتراف می‌کند: « انگیزه‌هایی وجود دارد که فضای قم را تغییر دهند و فضا و روحیه‌ی انقلابی قم را کم‌رنگ کنند. از کید و مکر دشمن نباید غافل شد. بزرگان و جوانان قم باید نگذارند دست‌های خائن، نقش کانونی قم را در انقلاب کم‌رنگ کنند». ( سایت حکومتی انتخاب ۱۹ دی ۱۳۹۷)

این وضعیت وخیم برای خامنه‌ای در حالی است که وی قریب سه دهه حاکمیت مطلق، دست به پاک‌سازی گسترده در میان طلاب و حوزه‌های علمیه در کشور زده است.
گماشتن عوامل دست‌نشانده خامنه‌ای بر مسند مدیریت و یا تولیت‌ها، بگیروببند‌های پلیسی و امنیتی کردن حوزه‌ها و مدارس علوم دینی، پرداخت " حق سکوت" به پاره‌ای از آخوندهای درشت برای مهار وضعیت، ایجاد شبکه‌های مافیایی و یا دست‌کاری‌های عامدانه در متون معارف حوزوی تنها بخش کوچکی از سیاست پادگانی کردن حوزه‌های علمیه در کشور می‌باشند.

همچنین بیان واژه‌هایی مانند "خائن" از زبان ولی‌فقیه، به معنای تصمیم نهایی وی برای اعمال سرکوب هرچه بیشتر در حوزه‌های علمیه می باشد.
به‌موازات این واقعیات نیز، اعترافات اخیر خامنه‌ای مبین واقعیتی بنام "عدم مشروعیت  و وجود مخالفت‌های گسترده علیه شخص وی و همچنین علیه اهداف فرصت‌طلبانه و سرکوبگرانه ولی‌فقیه در امور حوزه‌های مذهبی می‌باشد.

ابعاد این بحران علیه « ولی‌فقیه» یک‌شبه که در یک ساخت‌وپاخت کاملاً سیاسی میان وی و رفسنجانی در فردای مرگ خمینی دجال صورت گرفت، به حدی است که اساساً آخوندهای غیر حکومتی « پشیزی» ارزش برای « دستورات و فتواهای» خامنه‌ای قائل نیستد، زیرا النهایه وی را آخوندی دون‌پایه و فاقد درجات حوزوی می‌دانند.
پیشتر نیز آخوند یزدی از عوامل باند خامنه‌ای در حوزه قم وجود بحران در حوزه‌های علیه شخص ولی‌فقیه این‌گونه به بیرون ساطع کرده بود :« معتقدان به جدایی حوزه و نظام اسلامی همان معتقدان به جدایی دین از سیاست می‌باشند. برخی حوزه‌ها و مدارس به حوزه انقلابی توجه دارند و کار هم می‌کنند، تولیدات خوبی هم دارند؛ در نقطه مقابل مدارسی هستند که کاری به انقلاب و نظام ندارند و دنبال برگرداندن حوزه به شرایط قبل از انقلاب باشند». ( سایت حکومتی حوزه ۱۳ دی ۱۳۹۷)