وی در مصاحبه با سایت حکومتی جماران گفت: در ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای گفتم گرچه وزارت اطلاعات در حال حاضر یک نهاد امنیتی است، اما اساس این وزارتخانه یک نهاد نظامی است و از دل نظامی‌ها درآمده است. عمده‌اش از سپاه آمده و بخشی هم از ارتش. این نیروها به اینجا نیامده تا کار اطلاعاتی بکنند، بلکه آمده‌اند تا کار عملیاتی بکنند؛ آمده‌اند ضد انقلاب را بگیرند و بکشند. آخوند یونسی در مورد سازمانهای موازی وزارت اطلاعات گفت:‌ در وزارت اطلاعات به جز وزیر، همه مقامات مخفی هستند و هیچ پستی آشکار نیست. بنابراین برای اینکه رئیس جمهوری بداند فلان آقا اصلاً در وزارت اطلاعات هست یا نیست، پستش چیست و غیره، از چه کسی جز وزیر می‌تواند بپرسد؟! رئیس جمهوری برای کسب این اطلاعات یا باید از من سؤال کند یا مثلاً با آقای خسرو تهرانی و آقای ربیعی مشورت کند. در این صورت آن وقت دیگر من وزیر اطلاعات نیستم و آن دو نفر وزیر هستند».
لازم به ذکر است که علی ربیعی که یونسی نقش مهم او را در وزارت بدنام یادآوری کرده، وزیر کار آخوند روحانی بود و هم اکنون سخنگوی دولت وی است.