قاضی نیسمن که پروندة بمب‌گذاری تروریستی بوئنوس آیرس و دست‌داشتن بالاترین سران حکومت آخوندی در این جنایت را پیگیری می‌کرد، در ژانویة 2015 در خانة خود به‌قتل رسید.

دادگاه استیناف جنایی در بوئنوس آیرس باتفاق آرای هر سه قاضی، حکم به ارجاع پروندة قتل نیسمن به دادگاه فدرال داد که در آرژانتین قتل‌های سیاسی را پیگیری می‌کند؛ قضات دادگاه گفتند که قتل نیسمن می‌تواند «نتیجة فعالیت یک طرف سوم» باشد.
در جلسات دادگاه بوئنوس آیرس مانوئل رومرو ویکتوریا از وکلای بستگان نیسمن، برخی از پیام‌های تهدیدآمیزی را که این قاضی در آخرین هفته‌های عمرش دریافت کرده بود قرائت کرد؛ در یکی از این پیام‌ها خطاب به نیسمن، آمده است: «ما وعدة خود را برای قتل تو محقق خواهیم کرد... ما توانستیم تو را از پروندة آمیا جدا کنیم و بدون تو توافقی را بین آرژانتین و ایران به‌دست آوردیم».
مارتین آنگولو خبرنگار اینفوبائه آرژانتین و متخصص امور قضایی به سیمای آزادی، گفت: «دادگاه فدرال حوزة قضایی سیاسی در آرژانتین است؛ به این معنی که مسئول تحقیقات دربارة مقام‌های دولتی است... لذا قضات دادگاه فدرال از ارتباطات سیاسی گسترده‌تر و توانایی سیاسی بیشتری برخوردارند تا به هدف برسند... یک جنبة مهم دیگر تصمیم دادگاه استیناف جنایی این است که برای دومین بار یک دادگاه بر این فرضیه تأکید می‌کند که نیسمن کشته شده و مرگ او نتیجة خوکشی نبوده است».
خوان پابلو بیگلیرو از وکلای خانوادة نیسمن نیز دربارة اهمیت ارجاع پروندة قتل او به دادگاه فدرال، در مصاحبه با سیمای آزادی، تصریح کرد: «ارجاع پرونده به دادگاه فدرال به معنی اذعان به فرضیة قتل است و این‌که قتل قاضی فدرال (نیسمن)، می‌تواند به‌خاطر کارهایش به‌عنوان مأمور تحقیق حملة تروریستی آمیا صورت گرفته باشد... همة خانوادة نیسمن بعد از شوک اولیه و غم و اندوه عمیق، اکنون برای برقراری عدالت و جلوگیری از مصونیت کار می‌کنند».
وکیل خانوادة نیسمن اضافه کرد: «همة ما می‌خواهیم بدانیم که او چه‌طور به قتل رسید، چه کسی و چه سازمانی فرمان (قتل او را) صادر کرد و اهداف پشت آن چه بود. (و می‌خواهیم) هویت عاملان آن (شناسایی شود)».
مارتین آنگولو خبرنگار اینفوبائه به وجه دیگری از اهمیت حکم دادگاه پرداخت، و گفت: «دادگاه استیناف جنایی... این موضوع را نیز مورد اشاره قرار داده که مرگ (نیسمن) چهار روز بعد از افشای کریستینا فرناندز رئیس‌جمهور (سابق) به‌خاطر لاپوشانی در پروندة آمیا و یک روز قبل از حضورش در برابر کنگره برای توضیح دربارة این شکایت صورت گرفته است. اینجاست که یادداشت تفاهم با (رژیم) ایران به میان می‌آید؛ چون نیسمن گفته بود، این ابزاری است که مقامات دولت فرناندز قصد داشته‌اند از طریق آن پوششی برای عاملان حملة آمیا ایجاد کنند».
خبرنگار اینفوبائه دربارة علت تأخیر و به نتیجه‌نرسیدن تحقیقات بر سر قتل نیسمن، گفت: «قضات دادگاه جنایی استیناف هم در حکمشان گفته‌اند که علت، یک تحقیقات بد، تأخیری و نامنظم است و این‌که این تحقیقات سمت و سوی مشخصی نداشته است».