پژوهشگران مرکز تحقیقاتی خلیج (فارس) ضمن بررسی آمار و ارقام و روند وقایع مربوط به اعدامهای سیاسی سیستماتیک در ایران، از زمان روی کار آمدن خمینی در ایران و هم چنین بررسی قتل عام زندانیان سیاسی درسال ۶۷ می نویسند:”رژیم دیکتاتوری حاکم در ایران که خمینی پایه اش را بر چوبه های دار بنا نهاده، تلاش کرد که سرکوب و اعدام را به عنوان روشی برای خلاصی از هوادران افکار (مترقی) که رقیب وی در حاکمیت سیاسی بودند، بکارگیرد. ...
این اعدامها طی 37 سال، بی وقفه ادامه داشته است. تمرکز پژوهشهای این تحقیق بر روی سه اتهام”محاربه با اسلام»، «اقدام علیه امنیت ملی»، و”فساد در زمین » است که دستآویز (رژیم ایران) برای تصفیه مخالفین سیاسی بوده وهست.
به این ترتیب، خمینی و رژیمی که او پایه ریزی کرد، با استمرار دستگیریها و اعدامها علیه جریانهایی که به ایدئولوژیها و افکاری مغایر با ایدئولوژی ولایت فقیه ایمان دارند، ادامه داده است . چرا که آنها را مانعی جدی در مسیر اجرای نظرگاهها و طرحهای این رژیم در داخل و خارج می یابد.
پژوهشگران موسسه تحقیقاتی خلیج فارس در باره قتل عام زندانیان سیاسی و پیامدهای انتشار نوار آقای منتظری در این باره نوشته اند:‌خمینی در سال 1367 فتوای خود را برای دادن جنبه شرعی به اعدامها که مجاهدین خلق- اپوزیسیون این رژیم را در برگرفت، (فتوای)‌معروف خود را صادر کرد و سپس قضائیه رژیم ایران در اجرای این حکم علیه زندانیان سیاسی که بگفته سازمان ”مجاهدین خلق ”تعداد شان  30 هزار نفر بوده و اغلبشان از این سازمان بوده اند، اعدام کرد.
در نوار صوتی 40 دقیقه ای منتشر شده در اوت 2016 در سایت رسمی آیت الله حسین علی منتظری جانشین سابق خمینی، آقای منتظری درتاریخ 15-8- 1988 با 4نفر از اعضای ”کمیته اجرای دستورخمینی برای اعدام ” (که در مطبوعات بنام ”کمیته مرگ ”شناخته می شود، گفتگو می کند.
این نوار فاش می کند که منتظری (اعدامهایی) را که این زندانیان سیاسی را در بر می گیرد بطور مطلق رد می کند و می گوید: «شما به بعضی از آنها حکم زندان 5 یا 10ساله دادید و امروز بدون دلیل، اعدامشان می کنید» بنابرین خیلی از کسانی که اعدام شدند، کسانی بودند که یا در گذشته برای آنها احکام حبس صادر شده بود یا مدت محکومیت خود را می گذراندند یا کسانی بودند که مدت محکومیتشان تمام شده بود. برخی از اعدام شدگان نیز کسانی بودند که آزاد شده بودند ولی با تصمیم خمینی مجددا دستگیر شدند ویا کسانی اعدام شدند که تنها دلیلش داشتن روابط خانوادگی با اعضا و حامیان سازمان «مجاهدین خلق» بود.
بررسی نوار منتظری -که از برجسته ترین رهبران و بنیانگذاران بودو از همان موقع بعنوان قائم مقام ولی فقیه تعیین شده بود و فقط به خاطر موضع اش در مقابل فتوای خمینی برای اعدامها عزل شد-، نشان می دهد که رهبران سابق و فعلی رژیم ایران در بالاترین سطوح در اجرای فرمان خمینی دست داشته اند و شخص خمینی با امضای تصمیمات اعدام ها و ابلاغ آن توسط پسرش احمد خمینی در یک بسیج گسترده، هر کسی را که موید «مجاهدین خلق» بود یا روزنامه آنها را خوانده بود محکوم به اعدام می کرد.
علی خامنه ای رهبر فعلی، که درآنزمان رئیس جمهور رژیم بود ) یکی از دست اندرکاران اصلی در تصمیم گیریها بود.
 علی اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس کنونی مجمع تشخیص مصلحت نظام، که آنزمان رئیس پارلمان بود، کسانی بودند که خمینی در تصمیم گیریهای مهم اش با آنها مشورت می کرد.
این گزارش تحقیقاتی، به نقش کسانی مانند مصطفی پورمحمدی، حسین علی نیری ابراهیم رئیسی و مرتضی اشرقی و دیگر دست اندرکاران قتل عام زندانیان سیاسی علی فلاحیان، غلامحسین محسنی اژه ای و علی رازینی که هم چنان از مقامات این رژیم هستند اشاره کرده است.
مرکز تحقیقاتی خلیج فارس در پژوهش مفصل خود سرکوب و اعدام ملیتها و مذاهب مختلف در ایران و افزایش اعدامها در دوره آخوند روحانی را نیز مورد بررسی و تحقیق قرار داده است.
این گزارش در بخشی از نتیجه گیریهای خود در باره چشم انداز آینده خاطر نشان می کند: در صورت رسیدن حسن روحانی به دور دوم ریاست جمهوری نیز احتمال می رود که روند افزایش اعدامها به خطر این که قدرت در دست ولی فقیه است هم چنان روند فزاینده خودرا حفظ کند .زیرا نظام سیاسی حاکم بر ایران از زمانی که روی کار آمده تاکنون تلاش کرده تا از طریق ابراز و مکانیزم اعدام، خودش را و رویکردهای داخلی و خارجی اش را حفظ کند. چرا که این رژیم مذهبی در مخالفین سیاسی اش را تهدیدی مستقیم برای بقا و استمرار خود میبیند.