پس از شناخته شدن برای ساواک، از دی ماه سال ۱۳۵۰ در آستانه اتمام تحصیلات دانشگاهی زندگی مخفی پیشه کرد و در جنوب شهر به کارگری پرداخت.
مجاهد کبیر محمدعلی جابرزاده با ۴۸ سال سابقه حرفه ای و مبارزاتی، از مجاهدان پیشتاز دهة ۴۰، و قبل از دستگیری، در تیمهای عملیاتی همرزم مجاهدان شهید حبیب رهبری و مهدی رضایی، گل سرخ انقلاب ضد سلطنتی مردم ایران بود.
در اردیبهشت ۱۳۵۱ در جریان یک عملیات انقلابی دستگیر شد و تا مدتها در کمیته ضد خلقی تحت شکنجه قرار داشت اما دژخیمان از او به هیچکس و به هیچ چیز نرسیدند. به همین خاطر در بیدادگاههای نظامی شاه سرانجام به ۱۵ سال زندان محکوم شد.
در جریان انقلاب ضد سلطنتی در روز عاشورای سال ۱۳۵۷ از زندان آزاد شد و بلادرنگ به صفوف اول نبرد مجاهدین در سرنگونی رژیم شاه پیوست. از این پیشتر سه سال و نیم را در شکنجهگاه اوین بسر برده بود.
در زندانهای قصر (شماره ۴، شماره ۳، و شماره ۱) و در شکنجهگاه اوین، محمدعلی جابرزاده پیوسته عضو مرکزیت مجاهدین در زندان و در صف نخستین مبارزه با اپورتونیسم چپ نما و مبارزه با گرایش راست ارتجاعی به سردمداری امثال لاجوردی و عسگراولادی و رفسنجانی، و به شدت مورد بغض و کین همة آنها بود.
قبل از این، در تابستان ۱۳۵۲ پس از تغییر شرایط زندان قصر، ۲ ماه همراه با مسعود رجوی دور از سایر زندانیان در سلولهای انفرادی این زندان در معرض ضرب و شتم و انواع محدودیتها قرار داشت.
مجاهد خلق محمد علی جابرزاده پس از آزادی از زندان، مشاور دفتر سیاسی و مسئول ستاد تبلیغات سازمان مجاهدین خلق ایران (شامل نشریه و رادیو صدای مجاهد و سیمای مقاومت) و سپس مسئول کمیسیون مطالعات سیاسی شورای ملی مقاومت ایران بود.
در نخستین دوره انتخابات مجلس شورای ملی پس از انقلاب ضد سلطنتی در سال ۱۳۵۸، علیرغم کلان تقلبات حزب حاکم جمهوری اسلامی، محمدعلی جابرزاده با بیش از ۳۳ هزار رأی نخستین کاندیدای اپوزیسیون در اصفهان بود.
برادر کوچکتر او عباسعلی جابرزاده و همسرش ثریا سنماری در حماسه ۱۹ بهمن ۱۳۶۰ در شمار مجاهدانی بودند که تا آخرین گلوله و تا آخرین نفس در کنار سردار خیابانی و اشرف شهیدان جنگیدند و به شهادت رسیدند و تنها کودک خردسالشان در این صحنه باقی ماند.
رئیس جمهور برگزیده مقاومت خانم مریم رجوی، با تسلیت به مردم اصفهان و خانواده بزرگ مقاومت و اعضای شورای ملی مقاومت ایران، و به ویژه با تسلیت به همرزمان این مجاهد کبیر و صدیق در سازمان مجاهدین خلق ایران و ارتش آزادیبخش ملی، فقدان او را بطور خاص به «مسعود» تسلیت گفت و افزود:
همچنانکه به برادرم قاسم در بستر بیماری در بیمارستان، چند نوبت گفتم، براستی باید در برابر استواری و ایستادگی و ایمان تزلزل ناپذیر او سر تعظیم و تکریم فرود آورد و براستی ۵ دهه وفا و یاری با مسعود در خطیرترین آزمایشهای تاریخ معاصر ایران جای تهنیت و تبریک دارد.
از اینرو، پس از پرواز سرفرازانه اش به دیار رفیق اعلی و جاودانه فروغها، باز هم باید گفت: براستی که ۴۴ سال همراهی خستگی ناپذیرو بی تزلزل با مسعود در کوران حوادث و بحرانها و کارزارهایی که از دل زندان قصر در سال ۱۳۵۱ تا پایان عمر پرافتخارش ادامه داشت، افتخار بزرگ ایدئولوژیکی و سیاسی اوست.
سلام بر او که مجاهد ماند، و مجاهد جاودانه شد.