در لغتنامهٔ علّامهٔ دهخدا، چاپ 1330، دربارهٔ اجرای «حدّ شرعی» توسط محمّد باقر شَفتی مطالبی آمده که به مذاق سیّد علی خامنه‌ای، سرکردهٔ مفلوک و آبروباختهٔ نظام رَجّالگان، خوش نیامده بود و ازاین‌رو، در چاپ جدید لغتنامه (1377 شمسی)، به دستور شخص او، بخش زیر از شرح‌حال شفتی حذف شد:
«چون سید [شَفتی] اِقامهٔ حدود را در زمان غیبت امام واجب می‌دانسته، خود به "امربه‌معروف" و "نهی از منکر" و اجرای حدود، قیام می‌نمود و مدّعی بوده است که حکم من در این قبیل مسائل، به عینه، همان حکم حضرت صاحب‌الزّمان است.
عدد کسانی که سیّد ایشان را در دورهٔ سلطهٔ خود در اصفهان، به تازیانه، حدّ زده، از حساب بیرون است و شمارهٔ کسانی که او به دست خویش به‌عنوان اِقامهٔ حدود، کشته تا یکصد و بیست نوشته‌اند...
او متّهَمین را، ابتدا، به اصرار و ملایمت تمام و به تشویق این‌که خود در روز قیامت پیش جدّم شفیع گناهان شما خواهم شد به اقرار و اعتراف وا‌می‌داشته، سپس غالباً با حال گریه ایشان را گردن می‌زده و خود بر کشتهٔ آنان نماز می‌گذارده و گاهی هم در حین نماز غش می‌کرده است».
محمّدباقر شَفتی، معروف به «حجّت الاسلام»، از آخوندهای دورهٔ فتحعلی شاه و محمّدشاه قاجار، در سال 1175 قمری، در روستای چَرزه، از روستاهای طارُم زنجان، در خانواده‌یی تُهیدست زاده شد. در 7 سالگی به همراه خانواده‌اش به شهر شَفت، از شهرهای گیلان، رفت. ده سال بعد، در 17 سالگی (1192 ق) برای تحصیل علوم دینی به کربلا رفت و تا سال 1205 ق که راهی ایران شد، در شهرهای کربلا، نجف و کاظمین به تحصیل علوم دینی پرداخت.
او در دوران تحصیل با فقری بسیار شدید روبه‌رو بود. به‌طوری‌که گاه از گرسنگی، بی‌هوش به زمین می‌افتاد («قِصَص العلما»، تألیف محمد بن سلیمان تُنِکابنی، چاپ اوّل، تهران، 1304، ص 140).
وقتی هم پس از سفر طولانی سیزده‌ساله به اصفهان وارد شد و در مدرسهٔ چهارباغ سکونت گزید، «جز یک جلد کتاب و سفره‌یی نان چیزی به همراه نداشت». امّا دیری نگذشت که شهرتی بسیار و ثروتی هَنگُفت به دست آورد.
(روستای چَرزه، زادگاه شفتی)
شفتی وقتی در اصفهان بساط «اسلام پناهی» گسترد و با تکیه بر ناآگاهی عوام، بازارش پررونق شد، چندین هزار مرید «چماق‌دار» دور خود گردآورد و کسی را یارای آن نبود که در برابر خودکامگیهایش مانعی ایجاد کند. «امربه‌معروف و نهی از منکر» او با شدیدترین خشونتها و خونریزیها همراه بود.
شفتی در آغاز پادشاهی محمّدشاه (ماه رجب 1250 ق)، 70 سال داشت و به یاری «لوطیان» و قدّآره بندان دستگاهش بر اصفهان حکومت می‌کرد. او که داراییش به هنگام ورود به اصفهان یک جلد کتاب و سفره‌یی نان بود، «در شهر اصفهان, گویا, چهارصد کاروانسرا از مال خود داشته، زیاده از دو هزار باب دَکاکین (دکّانها) داشته و یکی از قُرا (روستاها) ی اصفهان، کروَن، بود که نهصد خروار برنج مقرّری آن‌جا بود, قطع‌نظر از گندم و جو… املاکی در بروجرد داشت که مَداخل آن هر سالی تقریباً شش هزار تومان بود و املاکی که در یزد داشت سالی دو هزار تومان مداخل آنها بود و دهاتی که در شیراز داشت سالی چند هزار تومان مداخل آنها بود».
«حاکم اصفهان هر وقت که شرفیابِ خدمت ایشان می‌شد، در دم در سلام می‌کرد... او را اِذن (اجازه) جُلوس می‌داد و تواضعی نمی‌کرد برای او» («تاریخ اجتماعی و سیاسی ایران در دورهٔ معاصر»، سعید نفیسی، ج 2، چاپ ششم، تهران 1366، ص 53، به نقل از «قِصَصُ العلما»، تألیف محمد تنکابنی).
پس از درگذشت فتحعلی شاه, «لوطیان» پیرو سیدشفتی بر حاکم اصفهان شوریدند و شهر را تاراج کردند و رمضان شاه, سرکردهٔ آنها, حکومت شهر را به دست گرفت و به نام خود سکه زد.
محمدشاه منوچهرخان معتمدالدّوله را به حکومت اصفهان نشاند و او را برای خواباندن شورش به اصفهان فرستاد.
منوچهرخان در سال 1255 هـ به اصفهان لشکرکشید و لوطیان شفتی را تار و مار کرد و «بیش از یکصد و پنجاه تن را اعدام کرد و تعداد مشابهی را به اردبیل تبعید کرد و شماری را که در قم بست نشسته بودند، به نیرنگ و وعدهٔ اَمان دادن, از بست خارج کردند و قتل‌عام کردند» («دین و دولت در ایران»، حامِد اَلگار, ترجمهٔ ابوالقاسم سری, تهران، 1396، ص 182).
محمدشاه در سالهای آخر عمر از بیماری نِقرس, به شدّت, رنج می‌برد و سرانجام در پایان چهارده سال و سه ماه سلطنت (به سال قمری), در ماه شوّال 1264 هـ در سن چهل‌ودو سالگی در قصر محمّدیه در تجریش درگذشت و بعد از او پسر هفده ساله‌اش ناصرالدّین میرزا (تولّد: ماه صفر 1247 هـ) به سلطنت رسید.
(مسجد سیّد، مقبرهٔ سیدباقر شَفتی در اصفهان)
شفتی در دوّم ربیع‌الاول 1260 هجری (دوم فروردین 1223 شمسی)، چهار سال پیش از درگذشت محمدشاه قاجار، در هشتادوچند سالگی، در اصفهان درگذشت و در همان شهر به خاک سپرده شد.
