یکی از ویژگیهای این مدرسه به کارگیری اعداد مقدس در ساخت آن است به این ترتیب که مدرسه دارای پنج مَدرَس (محل تدریس) به نیت عدد مقدس پنج تن (ع) است که یکی از این مدرسها متعلق به ملاصدرا و چهار مدرس دیگر برای سایرین بود.
مجموعه دو اتاق موجود در این مدرسه در کنار اتاقهای درس خارج، در جمع عدد 14 را به نیت چهارده معصوم (ع) تشکیل می دهد.
سردر مدرسه دارای طاقی ضربی و پوشیده از کاشیهای رنگی است که با تصاویر گل و ترنج تزیین و در زیر سقف طاق نیز با کاشیهای معرق رنگین تزیین شده است. بدنه، پیشانی، جرزها و بخشی از دیوارهای دو طرف طاق پوشیده از کاشیهای رنگین و دارای طرح های گل و بوته و اسلیمی متفاوتی است.
بر روی این کاشیها و در میان ترنجها، طرح های مختلفی از تصاویر پرندگان، گلها، درختان و خطوط اسلیمی بر روی زمینه های مختلف وجود دارد و مدرسه خان با شماره 75 در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.
ملاصدرا زمانی که به شیراز مراجعت کرد در این مدرسه به تدریس پرداخت و آن زمان بود که این مدرسه به عنوان یکی از مهمترین مراکز علمی ایران مطرح شد.
شهرداری شیراز چندی پیش اعلام کرد که قصد دارد تندیس ملاصدرا را در باغ جهان نمای شیراز نصب کند.