این احضارهای غیرقانونی به محلی نامرتبط یعنی سازمان قضایی نیروهای مسلح، باعث اعتراض دانشجویان شده است. در پاسخ مامور احضار کننده، اعلام کرده است که قاضی ترکی نماینده ویژه برادران لاریجانی (روسای قوه مقننه و قضائیه) است و تمام پرونده های دادگاه انقلاب، وزارت اطلاعات و حراست دانشگاه در رابطه با پرونده کوی باید به این دادگاه منتقل شود و گزارش نهایی و تصمیم گیری نهایی در مورد کوی به عهده قاضی ترکی است.

 بنابر این گزارش اتهاماتی که به دانشجویان پس از حضور در سازمان قضائی نیروهای مسلح تفهیم شده است، عبارتند از  "حضور در تجمعات اعتراض آمیز پس از انتخابات، سنگ پراکنی، آتش زدن بانک و آسیب به معابر عمومی و خصوصی، پرتاب کوکتل مولوتوف، درگیری با مأمورین، توهین به مسئولین و مقدسات نظام برای تحریک نیروهای بسیج و انتظامی برای حمله به کوی دانشگاه و ... "

 همچنین برای برخی از دانشجویان تفهیم اتهام شده، وثیقه های ١٠ تا ۵۰ میلیونی و ... صادر شده است، ولی زمان کافی به برای تامین وثیقه درنظر گرفته نشده است. تاکنون احضار و دستگیری این دانشجویان قطعی شده است:

 ۱- سجاد اکبری از دانشکده علوم اجتماعی با قرار وثیقه ۵۰ ملیونی

۲- سینا چگینی از دانشکده علوم اجتماعی با قرار وثیقه ۵۰ ملیونی

۳- پیام صالحی از دانشکده مدیریت با قرار وثیقه ۵۰ ملیونی

۴- حسینی از دانشکده مدیریت

۵- قیصری از دانشکده تربیت بدنی

۶- شریفی از دانشکده تربیت بدنی با قرار وثیقه ١٠ ملیونی

 اما بنابرگزاش تعداد دانشجویان احضار شده بسیار بیشتر از این ۶ دانشجو است. همچنین دانشجویانی نیز که از اوین آزاد شده اند مکان حضور خود را بندی غیر از بندهای امنیتی معروف اوین توصیف می کنند و می گویند برای پذیرش اتهامات وارد شده به خود، اظهار ندامت شدید از رفتار خود و پذیرفتن مسئولیت فجایع اتفاق افتاده در کوی (همچون حمله به کوی و ضرب و شتم دانشجویان) به شدت تحت فشارهای مختلف روانی و جسمی قرار گرفته اند.

فعالین دانشجویی تحرکات اخیر قوه قضائیه در ارتباط با پرونده کوی را فشار بر فعالین دانشجویی و امنیتی کردن فضای دانشگاه ها با هدف ایجاد رعب و وحشت و تحت فشار قرار داشتن مسئولین قضائی در رابطه با این پرونده برای ارائه گزارشی نادرست به مسئولین نظام و بستن پرونده کوی می دانند.