ریاست دانشگاه از ابتدا تاکنون در اختیار عبدالله جاسبی بوده است. رئیس هیأت مؤسس دانشگاه، رفسنجانی و اعضای هیأت مؤسس علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی، عبدالله جاسبی، عبدالکریم موسوی اردبیلی، میرحسین موسوی، حسن حبیبی، علی‌اکبر ولایتی، محسن قمی، حمید میرزاده و حسن خمینی (پس از مرگ احمد خمینی) هستند.
در جنگ میان باندهای قدرت در درون رژیم پس از روی کار آمدن احمدی‌نژاد، باند وی برای تسخیر دانشگاه آزاد که تحت کنترل رفسنجانی است خیز برداشته اند و خواستار بیرون کشیدن آن از چنگ رفسنجانی هستند.
احمدی‌نژاد، در آبان ماه سال ۱۳۸۵ دانشگاه آزاد را تهدید به «اقدام انقلابی» کرد و یک ماه پس از آن رفسنجانی، به صراحت از «برخی موذی‌گریها» و «شرارت‌ها» علیه این دانشگاه سخن گفت. . . . .
رفسنجانی روز پنجشنبه با یادآوری وقف دانشگاه آزاد گفت: «هیچ اموال دولتی در مجموع دانشگاه آزاد نیست و هرکس زمینی به این مجموعه اختصاص دهد براساس قیمت روز پول آن پرداخت می‌شود. اگر هم در نهایت از اموال دولتی باشد در هر صورت وقف کرده‌ایم و فتوای رهبر انقلاب مبنی بر این مساله در شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز خوانده شده است».
رفسنجانی با اشاره به فتاوای مراجع در مورد مساله وقف تصریح کرد: «امیدواریم کسی این جرات را به خود ندهد که این مجموعه که سالهاست آموزش و تحقیقات کشور را تامین می‌کند و حتی می‌تواند کشور را اداره کند را پس بگیرد». در سال ۱۳۸۷ شورای عالی انقلاب فرهنگی به دانشگاه آزاد مهلت داد که اساسنامه خود را تغییر دهد و در غیراینصورت این شورا مستقیماً خود برای دانشگاه آزاد اساسنامه تنظیم می‌کند؛ اگر نظر شورای عالی فرهنگی تامین می‌شد، عبدالله جاسبی، رئیس دانشگاه آزاد که از معتمدان اکبر هاشمی رفسنجانی است، بخت زیادی برای باقی ماندن در ریاست این دانشگاه نداشت. با این حال هیأت مؤسس دانشگاه آزاد بهجای تنظیم اساسنامه مورد پسند شورای عالی انقلاب فرهنگی از وقف این دانشگاه خبر داد. در واکنش به این اقدام، شورای عالی فرهنگی نیز به تغییر اساسنامهاین دانشگاه مبادرت ورزید که واکنش نمایندگان منتقد دولت را درپی داشت؛ این دسته از نمایندگان در نهایت با گذراندن مصوبه‌ای از مجلس جلوی اقدام شورای عالی فرهنگی را گرفتند. به همین ترتیب، در واکنش به این مصوبه بود که نیروهای هوادار دولت در اقدامی کم سابقه روبهروی مجلس اجتماع کرده و شعارهای تندی علیه مجلس و رئیس آن علی لاریجانی سر دادند؛ تجمع‌کنندگان حتی مجلس را تهدید کردند که آن را به توپ خواهند بست.
