به نوشته فارس متن نامه خامنه ای به شرح زیر است:

بسم الله الرحمن الرحیم
در پی مأموریت به دو هیئت فقهی و حقوقی برای بررسی عمیق و همه جانبه درباره وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی، مجموعه بحث ها و تدقیق در ادله مختلف به این نتیجه قطعی منتهی شد که وقف مزبور دارای اشکالات اساسی فقهی و حقوقی است از جمله، هم به لحاظ مشروعیت وقف مذکور و هم از جهت صلاحیت هیئت محترم موسس در انشاء این وقف. همچنان که مشکل اساسی تحقق قبول مقام ذیصلاح نیز مطرح است، بنابراین وقف مزبور از لحاظ فقهی و حقوقی صحیح نیست.
ضمناً با توجه به ماهیت غیرخصوصی و غیردولتی دانشگاه آزاد اسلامی، لازم است بندهای 5 و 10 مصوبه جدید شورای عالی انقلاب فرهنگی در مورد اساسنامه آن دانشگاه مورد بررسی مجدد قرار گرفته و اصلاح شود.

لازم به یادآوری است که در ادامه جنگ و دعوا بر سر تصاحب دانشگاه آزاد، روز اول مهر (23 سپتامبر) رفسنجانی گفت گمان نمی کند کسی بتواند وقف دانشگاه آزاد را به هم بزند. وی گفت « رفسنجانی: اگر کسی توانست وقف دانشگاه آزاد را برهم بزند از خداوند قوی‌تر است ».