در دوره اول ریاست جمهوری احمدی نژاد هم این دعواها وجود داشت و رفسنجانی در موردشان گفت "اگر قرار بود در مقابل این موذی‌‌گری‌‌ها عقب بنشینیم، باید به همان اتاق طلبگی برمی‌‌گشتیم و یا در روستا ها برای مردم مساله می‌‌گفتیم." (آذر ۱۳۸۵)

 اما اساسا در بعد از انفجار شقه در راس رژیم در خرداد سال ٨٨ بود که خامنه ای تلاش خود را برای حذف رفسنجانی و شکستن بنیان مالی جناح مغلوب، شدت ببخشد. احمدک از طرف خامنه ای مدیران این دانشگاه را متهم کرد که "سرمایه این دانشگاه را به جای مسائل آموزشی صرف فعالیت های انتخاباتی کرده اند."

  رفسنجانی در شهریور ١٣٨٨ به وقف دانشگاه آزاد دست زد و این عمل را "بزرگترین وقف دنیا و جهان اسلام" دانست ( ٢٢ اردیبهشت ٨٩).

او اخیرا  گفت: "بر اساس فتوای رهبر و چهار مجتهد که در هیات موسس حضور داریم تصمیم به وقف این دانشگاه گرفته ایم، صیغه آن نیز خوانده شد و قبض و اقباض نیز انجام شد که فکر نمی کنیم کسی بتواند آن را بر هم بزند." و اضافه کرد: "اگر کسی توانست این کار را انجام دهد، از خداوند قوی تر است و از او پس می گیرد." (رفسنجانی - پنجشنبه اول مهر)

 اما شیرزاد عبداللهی کارشناس امور آموزشی اصل مطلب را چنین گفت "اموال دانشگاه برای مصون نگاه داشتن آن از دست دولت، وقف شده است"

 اما خامنه ای با تهاجم های چند لایه ای و دخالت مستقیم بیش از هشت مرتبه از دست اندازی به مهمترین منبع مالی جناح مغلوب منصرف نشد و منجمله  با حذف موسوی از هیات موسسین دانشگاه آزاد و انواع اشکال تراشی ها و پرونده سازیها جناح مغلوب را زیر ضرب گرفت . دادسرای انقلاب تهران در ٧ خرداد "از کشف اسناد محرمانه دولتی و گزارشهای مرتبط با یکی از متهمان حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری" خبر داد ولی یاسر هاشمی که رئیس هئیت امنا دانشگاه بود در ادامه خط پدر مبنی بر استمالت و دلجوئی از ولی فقیه و سیاست حفظ خود، ازقوه قضائیه خواست تا "به اقدامات علیه دانشگاه آزاد رسیدگی شود" که البته مشخص است که این رسیدگی الان انجام شده است.

  نکته جالب در این شلوغ بازار موضع لاریجانی بود که ابتدا به احمدی نژاد پرید و گفت: "این مجلس را تهدید به تعطیل می کنند؟ این مجلس خمینی است، این مجلس خامنه ای است." اعتراض بسیجیها در مقابل مجلس کار خود را کرد و لاریجانی اکنون مقهور ولایت مطلقه ای شده که در راستای حفظ خود چاره ای جز انقباض مستمر و خودخوری ندارد.

اگر موضعگیری زبوبانه این حضرات در مقابل تنوره کشیدن های ولی فقیه و تن دادن به خواستهای عمده خامنه ای قدری متفاوت بود و اینقدر در برابر اوامر "عظما"  در مورد «مرز سرخ کشیدن با دشمنان نظام»، سر تسلیم فرود نمی آوردند، شاید سرنوشت خودشان تا حدی متفاوت می بود! 

این قانونمندی حاکم است، در مبارزه با ولایت فقیه است که جسم و جان "یک نهاد" قدرت می گیرد و اعتلا می یابد. عقب نشینی و گدائی رحم و مروت از "عظما" جز به ذلت بیشتر و باختن مضاعف نخواهد انجامید. این را حزب توده تجربه کرد و نتیجه اش را دید. ولی فقیه برای بقا رژیمش چاره ای جز فرار به جلو ندارد. حذف رفسنجانی نه از موضع قدرت بلکه از ضرورت بقا است. حالا رفسنجانی  باید  در فکر" قویتر از خدا" باید باشد تا از حرص خامنه برای بلعیدنش در امان بماند!