صلاحیت وی به‌دلیل مطالبی که در انتقاد از دولت منتشر ساخته است در انتخابات مجلس شورای اسلامی و سازمان نظام پزشکی نیز رد شده بود. وی در جریان حوادث بعد از انتخابات ریاست جمهوری دستگیر و زندانی شد.
در همان زمان پدرش آیت‌الله خزعلی، در اعلامیّه‌ای از فرزندش اعلام برائت کرد. مهدی خزعلی نیز در بیانیّه‌ای که پس از انتخابات ریاست جمهوری منتشر گردید ، ضمن تأکید بر ادای احترام به پیشگاه پدر گفت: “می‌فرمایند: اگر پدر راضی نباشد روزهٔ مستحبّی حرام است” می‌گویم “بلی؛ امّا جهاد واجب را می‌شود به امر پدر ترک کرد؟ مسئلهٔ رفع ظلم و استبداد است و بر همگان واجب و اذن پدر شرط نیست.”
وی سال گذشته توسّط دادگاه ویژه روحانیت بازداشت و سپس زندانی شده بود ؛ که پس از احضار و پیش از دستگیری در وبگاه شخصی‌اش نوشته بود “نمی‌دانم در من چه روحانیّتی دیده‌اند که مرا به این دادگاه احضار نموده‌اند!”
مهدی خزعلی تاکنون با قرار وثیقه آزاد بود
