به گزارش خبرگزاری "مهر"، علیرضا افشار از مجاز بودن انتقاد "ان‌جی‌او"ها از دولت در جلسات خصوصی گفته اما تاکید کرده که این سازمان‌ها نباید دولت را در رسانه‌ها تضعیف کنند.
به تاکید علیرضا افشار، وزارت کشور تنها بر فعالیت آن دسته از سازمان‌های مردمی نظارت دارد که بر اساس قوانین، از سازمان‌های تخصصی و این وزارت‌خانه مجوز می‌گیرند. وی به تشکل‌های غیردولتی هشدار داده که نهایت دقت را در ارتباطات برون‌مرزی داشته باشند تا به "دام دشمنان" نیفتند.
معاون امور فرهنگی و اجتماعی وزارت کشور یادآور شده که هیچ یک از سازمان‌های مردم نهاد در داخل و خارج از ایران، در حوادث پس از انتخابات دوره دهم شرکت نداشته‌اند و این نتیجه‌گیری بر اساس آخرین اطلاعات وزارت کشور و نیروی انتظامی است.
این در حالی است که در کیفرخواست بسیاری متهمان و معترضان حوادث پس از انتخابات، بر نقش "ان‌جی‌او"ها در این رویدادها تاکید شد و این تشکل‌ها به مثابه مراکز شناسایی، جذب و توانمند سازی افراد واقشار موثر در جامعه معرفی گشتند.
نماینده دادستان عمومی تهران در یکی از این دادگاه‌ها در تشریح برنامه "دشمن" در رویدادهای پس از انتخابات گفته بود: «ایجاد و حمایت مادی و معنوی از "ان‌جی‌او"‌ها جهت جریان سازی در لایه‌های مختلف اجتماعی و بهره‌گیری از پتانسیل و امکانات آنها در شرایط مقتضی.»
حیدر مصلحی، وزیر اطلاعات ایران نیز در شهریور ماه سال ۸۹ در رابطه با "کمک مالی" برخی کشور ها به رهبران مخالفت دولت اعلام کرده بود که «این کمک طی چند سال گذشته از طریق "ان‌جی‌او"‌ها و تشکیلاتی که با آنها همکاری می‌کردند، صورت گرفته‌است.»
پیش از این، جانشین فرمانده نیروی انتظامی تهران در اوایل اردیبهشت از دغدغه پلیس در عدم نظارت بر کار سازمان‌های غیردولتی و لزوم ساماندهی متمرکز این تشکل‌ها یاد کرده بود.