ایلنا به نقل از شجونی، عضو «جامعه روحانیت مبارز» نوشت: «متاسفانه برخی از حاشیه‌های آزاردهنده‌ای که در دولت احمدی‌نژاد دیده می‌شود، موجب شده تا علما و مخصوصا مراجع عظام نخواهند رابطه خوبی با دولتی‌ها داشته باشند. به همین دلیل است که خیلی از آیات عظام حتی به درخواست دیدار دولتی‌ها جواب منفی می‌دهند تا به نوعی مخالفت خود با برخی از جریان‌های مشاهده شده در دولت را اعلام کند».

این عضو جامعه روحانیت مبارز همچنین با اشاره به هشدار خامنه ای در مورد جریانی که دنبال اسلام بدون روحانیت است، این پدیده را پدیده‌ای خطرناک و البته قدیمی عنوان می‌کند.

جعفر شجونی در گفت‌وگو با خبرنگار ایلنا، در رابطه با هشدار خامنه ای نسبت به «اسلام بدون روحانیت»، اظهار داشت: «اینکه عده‌ای ملی‌گرا که تعصب چندانی به دین ندارند، دنبال این هستند تا دست روحانیون را از سیاست و امور اجرایی کوتاه کنند، امری است که از روزهای اول انقلاب ملموس بود».