اگرچه نام وی قبل از کهریزک به واسطه نحوه برخورد با روزنامه‌ها و روزنامه‌نگاران با پیشوند «قاضی» بر سر زبان‌ها بود این بار در حالی که پسوند متهم را یدک می‌کشد در جراید و رسانه‌ها مطرح می‌شود؛ اتهامی که به واسطه قضایای بعد از انتخابات سال گذشته او را پرونده‌دار کرد چرا که مسوولان از سعید مرتضوی دادستان وقت تهران به عنوان دستوردهنده اصلی انتقال بازداشت‌شدگان حوادث پس از انتخابات به بازداشتگاه جنجالی نام می‌برند.
اگرچه وی همواره سعی کرد خودش را از این اتهامات تبرئه کند و حتی پس از تعلیقش از مقام قضایی خود به عنوان دادستان تهران در دستگاه اجرایی کشور به عنوان رئیس ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب شد، اما این سمت نیز نتوانست بر اتهاماتش سایه بیندازد، چرا که در اولین گزارش رسمی- گزارش ویژه مجلس برای رسیدگی به حوادث پس از انتخابات- که در اسفندماه سال گذشته منتشر شد، اسم وی به عنوان دستوردهنده اصلی انتقال بازداشت‌شدگان به بازداشتگاه کهریزک مطرح شد که در واقع مهر تاییدی بر این موضوع بود که سعید مرتضوی یکی از آمران اصلی انتقال بازداشت‌شدگان حوادث پس از انتخابات به بازداشتگاه کهریزک بود.
در گزارش مجلس تاکید شده بود که انتقال بازداشت‌شدگان 18 تیر 1388 به کهریزک با «دستور و اصرار» سعید مرتضوی دادستان وقت تهران صورت گرفته و دستگاه قضایی نیز باید در این زمینه پاسخگو باشد.این در حالی است که غلامحسین محسنی‌اژه‌ای دادستان کل کشور نیز در اظهارنظری در 26 تیرماه گفته بود: «من یادم هست که 19 تیر 1388 یکی از مسوولان دفتر مقام معظم رهبری تماس گرفتند که این افرادی را که الان در کهریزک هستند، حتماً بگویید به جایی غیر از کهریزک منتقل کنند. اتفاقاً ما همان شب جلسه داشتیم. آن زمان دادستان کل وقت، دادستان کل تهران، بعضی از افراد دیگر در وزارت اطلاعات و غیره بودند که در دفتر من جلسه داشتیم. من هم چون در آن جلسه با آن آقایان صحبت کرده بودم و خواستار همین بودم که دادستان تهران آنها را هرچه زودتر منتقل کند و از آنجا ببرد و آنها هم قول داده بودند که ما این کارها را می‌کنیم، به همین دلیل به فردی که از طرف آقا تماس گرفته بودند، اطمینان دادم و گفتم که جلسه پایان یافته و اینها قول دادند که حتماً همین امشب همه اینها را منتقل می‌کنند. در این مورد نیز جامعیت نگاه رهبری مشهود است. این‌طور نبوده که توجه به یک موضوع، موجب غفلت ایشان از موضوع دیگری بشود.» دادستان کل کشور افزود: «باید بگویم ما در پیگیری آن کوتاهی کردیم یعنی ما دستگاه‌های قضایی، انتظامی و اطلاعاتی باید با آن حساسیتی که آقا داشتند، سریع‌تر کار می‌کردیم.» این در شرایطی بود که نه‌تنها بازداشت‌شدگان در آن روزها به بازداشتگاه‌های دیگر منتقل نشدند بلکه محسن روح‌الامینی، امیر جوادی‌فر و محمد کامرانی سه نفر از بازداشت‌شدگان حوادث پس از انتخابات که به این بازداشتگاه منتقل شده بودند، به دلیل عوامل متعدد «از جمله کمبود مکان، ضعف امور بهداشتی، تغذیه نامناسب، گرما و فقدان کولر» و همچنین «ضرب و شتم و بی‌توجهی ماموران و مسوولان بازداشتگاه به وضعیت جسمی»، کشته شدند و سازمان قضایی نیروهای مسلح نیز که مسوولیت پرونده کهریزک را به عهده داشت، در بیست و هشتم آذرماه سال گذشته کشته شدن این سه نفر را در این بازداشتگاه «قتل عمد» خواند و با رد ابتلای آنها به بیماری «مننژیت» قتل آنها را به اثر ضرب و جرح اعلام کرد و چندی پس از آن حکم تعلیق سه مقام ارشد قضایی مرتبط با پرونده کهریزک صادر و به آنان ابلاغ شد. هر چند در این خبر اسمی از سعید مرتضوی نیامده بود، اما اظهارات دادستان تهران در بیست و سوم شهریورماه که سعید مرتضوی دادستان سابق تهران را شاخص‌ترین متهم پرونده کهریزک اعلام کرد، به طور رسمی وی را به عنوان یکی از متهمان اصلی کهریزک معرفی کرد. هرچند چندی بعد از آن سخنگوی قوه قضائیه در نشست خبری با اصحاب رسانه در مورد این پرونده گفت: «تاکنون برای دادستان سابق تهران حکم بازداشتی صادر نشده است و پرونده وی نیز هنوز منجر به تبرئه یا صدور قرار مجرمیت نشده است.» اما به نظر می‌رسد با اظهارنظر جدید دادستان انتظامی قضات این پرونده وارد فاز دیگری خواهد شد.
