در متنی که به عنوان «مصاحبه» در سایت مشرق و به مناسبت سالگرد ضد تظاهرات حکومتی در ۹ دی، منتشر شد، از قول علی خمینی آمده بود: «بر پایه تشخیص و احساس وظیفه شرعی هم ۹ دی سال گذشته در راهپیمایی حضور داشتم و هم دیروز در مراسم مهدیه تهران شرکت کردم».
در واکنش به این خبر بود که دفتر خمینی با صدور بیانیه‌ای اعلام کرد: «پیرو درج خبری در برخی سایت‌های خبری مبنی بر حضور حجت الاسلام و المسلمین سید علی خمینی و مصاحبه ایشان با این رسانه‌ها اعلام می‌دارد جناب آقای سید علی خمینی روز پنج شنبه نهم دی ماه ۱۳۸۹ در شهر مقدس قم بوده‌اند و مصاحبه‌ای نیز با هیچ یک از رسانه‌های خبری نداشته‌اند».
با این حال وب‌سایت مشرق که مصاحبه‌ای منتسب به علی خمینی، فرزند احمد خمینی را منتشر کرده بود، با حمله به حسن خمینی و نیز مسئولان دفتر خمینی، آنها را بازماندگان «فتنه» سال ۱۳۸۸ خواند و بر واقعی بودن مصاحبه خود اصرار کرد.
در پی شکست طلسم ولایت و افزایش شقه و شکاف بعد از انتخابات قلابی سال 88، که به تظاهرات گسترده اعتراضی منجر شد، نزدیکان خمینی نیز، از فشارها و حملات باند ولی فقیه در امان نمادند.
در شب عاشورای سال ۱۳۸۸، در اقدامی بی‌سابقه، در حالی که خانه خمینی در جماران، در محاصره پاسداران بود، نیروهای لباس شخصی، به حسینیه جماران حمله کردند و با شعار «ابوالفضل علمدار خامنه‌ای نگهدار» و شکستن شیشه‌ها، سخنرانی محمد خاتمی را ناتمام گذاشتند.
یکی از خبرسازترین حمله‌ها به اعضای خانواده خمینی، در سالمرگ خمینی در ۱۴ خرداد امسال انجام شد که طی آن، هواداران باند خامنه ای در حضور وی، با سردادن شعارهایی علیه حسن خمینی سخنرانی وی را قطع کردند.
