احیای واحد حفاظت و اطلاعات قوه قضاییه که آخوند لاریجانی آن را به عنوان تضمین به اصطلاح استقلال قوه قضاییه می داند، اختلافات کنونی در درون باندهای حاکمیت را به سطح نظامی ارتقا می دهد و چه بسا زمینه درگیریهای مسلحانه بین باندهای رقیب در درون حاکمیت را به دنبال داشته باشد.
از جمله پرونده هایی که به اختلاف و درگیری بین قوه قضاییه و دولت احمدی نژاد منجر شده،  پرونده محمدرضا رحیمی معاون اول محمود احمدی نژاد است که قوه قضاییه وی را به فساد اقتصادی متهم می کنند. یک نماینده مجلس ارتجاع از باند رقیب، وی را  "فاسد، رانت خوار و بیمارانی که دشمن نظام هستند" خوانده بود.
خبرگزاری حکومتی ایرنا اعلام کرد: رییس قوه قضاییه روز سه شنبه در جمع مدیران حفاظت و اطلاعات قوه قضاییه با تحسین از تشکیل این واحد در قوه قضاییه در دوره ریاست آخوند شاهرودی گفت: "یکی از کارهای موثر در دوره قبلی مدیریت قوه قضائیه تصمیم برای ایجاد مرکز حفاظت و اطلاعات بود که کاری بسیار مهم در حفظ استقلال دستگاه قضایی و موجب از بین بردن زمینه‌های دخالت احتمالی برخی نهادها و دستگاه‌ها در قوه قضائیه بوده‌است."
آخوند لاریجانی با اشاره به اینکه "دستگاه قضایی در ایجاد مرکز حفاظت و اطلاعات قوه قضائیه دارای جایگاه قانونی است" افزود: "مطابق اصل ۱۵۸ قانون اساسی ایجاد تشکیلات قضایی متناسب با اهداف مذکور در اصل ۱۵۶ بر عهده رئیس قوه قضائیه است و یکی از وظایف مصرح در اصل ۱۵۶ قانون اساسی کشف و پیشگیری از وقوع جرم است که دستیابی به آن نیازمند ایجاد تشکیلات متناسب از سوی رئیس قوه قضائیه است."
صادق لاریجانی بدون اشاره مشخص به مخالفت هایی که با این موضوع صورت گرفته است افزود: "تعبیر نادرستی است اگر بگوییم ایجاد تشکیلات مورد نیاز دستگاه قضایی از سوی رئیس قوه قضائیه باید از طریق ارائه لایحه به دولت و مجلس صورت گیرد چرا که در اصل ۱۵۷ قانون اساسی درباره شرایط ارائه لوایح قضایی به دولت و مجلس تصریح شده و معنا ندارد که دوباره در اصلی دیگر اعلام شود رئیس قوه‌قضائیه می‌تواند تشکیلات قضایی متناسب با اهداف دستگاه قضایی را ایجاد کند آنهم از طریق ارائه لایحه در واقع در اینجا کلمه ایجاد معنی و مفهومی روشن دارد."
این اظهارات صادق لاریجانی و تاکید او بر لزوم احیا و فعال کردن تشکیلات حفاظت و اطلاعات قوه قضاییه درحالی است که هم اکنون این واحد در دستگاه قضایی با تعریف "عملکرد نظارتی" وجود دارد اما بحث مورد نظر او به نحوه و چگونگی فعالیت این تشکیلات و ورود به "رویکرد عملیاتی" بازمی گردد.
درهمین راستا شهریور ماه سال جاری رییس کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس از طرح "ضابط" شدن کارمندان حفاظت و اطلاعات قوه قضاییه خبرداده و گفته بود: "چندی قبل در یک جلسه مقدماتی در کمیسیون حقوقی مجلس بحث ضابط شدن کارمندان حفاظت اطلاعات قوه قضاییه مطرح شد که این طرح در حاشیه طرح بازنگری آیین‌ دادرسی کشور مطرح شد اما از آنجا که یکسری موارد جدید به آن اضافه شده بود مقرر شد تا مرکز پژوهش‌های مجلس بازنگری‌ ویژه‌ای داشته باشد."
رئیس قوه قضاییه افزود: متاسفانه هرگاه که پرونده‌های مهم مطرح می‌شود از طریق بحث‌های سیاسی چنین مسائلی را پیش می‌کشند تا شاید بتوانند دستگاه قضایی را از مسیر قانونی و بر حق خود دور کنند اما باید همگان بدانند که قوه قضاییه در مسیر خود ثابت قدم است.