در جلسه شورای انقلاب فرهنگی رژیم  در تاریخ 7 اسفند 87، درباره هئیت امنای دانشگاه آزاد، رفسنجانی پیشنهاد یکی از اعضای شورای انقلاب فرهنگی رژیم  را که گفته بود (در صورت فوت کلیه یا اکثریت اعضای مؤسس در یک زمان، ولی فقیه تصمیم گیری کند و این مسأله در اساسنامه گنجانده شود) رد کرده و می‌گوید: "ولی فقیه خوب است؛ ولی اشکالش این است که بعداً اگر نظام ما ولی فقیه نداشته باشد، اگر ما بخواهیم وقف ابدی باشد که نمی‌شود بگوییم ولی فقیه؛ ممکن است نظام ما ولی فقیه نداشته باشد... تعدادی علی البدل داشته باشد که در صورت حادثه جایگزین شود».

جهان نیوز یکی از رسانه های وابسته به باند ولی فقیه نوشت: « مهم‌ترین نکته در این مذاکرات این است که هاشمی رفسنجانی در حالی که در رأس مجلس خبرگان قرار دارد و باید مدافع اصلی اصل ولایت فقیه باشد، چگونه احتمال می دهد شاید روزی نظام ما ولی فقیه نداشته باشد؟ آیا اساساً نظام بدون ولایت فقیه، اسلامی و مشروع خواهد بود؟ چگونه است هاشمی رفسنجانی دانشگاه آزاد را همیشگی می داند ولی ولایت فقیه را نه؟ کدام نظام مدّنظر هاشمی است که ولی فقیه ندارد؟
جهان نیوز افزود: « بررسی مواضع هاشمی قبل از فتنه تا امروز به همگان ثابت می کند که این، سهو لسان نیست بلکه نشان، از تغییر نگاه هاشمی به این مقوله دارد. با این حساب باید پرسید در این صورت آیا واقعاً هاشمی رفسنجانی باز هم باید بر صندلی ریاست خبرگان تکیه بزند؟ سستی در اعتقاد به ولایت فقیه چگونه با چنین جایگاهی تطابق دارد؟