وی چندی سردبیر مجله سخن بود از سال ۱۳۳۷ تا سال ۱۳۵۷ مدیر و سردبیر مجله «راهنمای کتاب» بود، همچنین از سال ۱۳۳۷ به تدریس در دانشسرای عالی وابسته به دانشگاه تهران پرداخت.
از سال ۱۳۴۱ ریاست کتابخانه ملی ایران و از سال ۱۳۴۲ ریاست مرکز تحقیقات ایرانشناسی دانشگاه تهران را عهده دار بود.
ایرج افشار که مدتی بود دچار بیماری شده بود، از شامگاه ۱۲ اسفندماه در بخش مراقبت‌های ویژه‌ی بیمارستان جم تهران بستری شد و در روز ۱۸ اسفند ۱۳۸۹ در سن ۸۵ سالگی درگذشت.
برخی از آثار ایرج افشار:
پژوهشهای ایرانشناسی نامواره دکتر محمود افشار، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار، چاپ اول ۱۳۸۴
دفتر تاریخ، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار، چاپ اول، ۱۳۸۴
ریاض الفردوس خانی، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار، چاپ اول ۱۳۸۵
فرهنگ ایران زمین در ۳۰ جلد به کوشش ایرج افشار
نامه‌های تهران شامل ۱۵۴ نامه از رجال دوران به سید حسن تقی زاده، به کوشش ایرج افشار، انتشارات فرزان روز چاپ دوم ۱۳۸۵
گلگشت در وطن سفر نامچه انتشارات اختران چاپ اول ۱۳۸۴
فهرست دستنویس‌های فارسی در کتابخانهٔ ملی اتریش و آرشیو دولتی اتریش در وین انتشارات فرهنگستان علوم اتریش - فهرستگان چاپ اول ۱۳۸۲
فهرست مقالات فارسی که مقاله‌های فارسی را در زمینه ایرانشناسی در ۶ جلد به چاپ رسانده است. این شش جلد بالغ بر چهل سال از زندگی وی را در بر گرفته است و هر کسی که بخواهد در موضوعاتی که مربوط به ایران و زبان و فرهنگ ایرانی دست به پژوهش بزند از مراجعه به این کتاب بی نیاز نخواهد بود. مجموعه مقالاتی که ایرج افشار در مجلات و یادنامه ها به چاپ رسانده است شاید بالغ بر دوهزار مقاله باشد. کتابهایی که ایشان در زمینه فرهنگ، تاریخ و ادب ایران انتشار داده اند بالغ بر سیصد جلد می شود و از این نظر شاید در میان معاصران بی نظیر باشد.
در گذشت آقای ایرج افشار را به خانواده و دوستان و همکارانش تسلیت می گوییم.
