مریم رجوی رئیس این شورا در بیانیه‌ای که الشرق الاوسط نسخه‌ای از آن را دریافت کرد گفت «موقعیت خامنه‌ای به‌عنوان ولی‌فقیه از 21سال پیش در ژوئن ۱۹۸۹ اساساً مرهون رفسنجانی است و همان‌طور که مقاومت ایران در 2 دهه اخیر بارها تاکید کرده است: کنار زدن رفسنجانی توسط خامنه‌ای و تغییر تعادل بین این زوج متضاد اما جدایی ناپذیر، نشانه سرنگونی محتوم رژیم به‌جا مانده از خمینی است».
یک منبع در دفتر شورای ملی مقاومت ایران در پاریس، اصلاح‌طلب بودن رفسنجانی را رد کرد و تاکید نمود که وی «مغز متفکر» و بلکه طراح سلسله ترورهای سیاسی سران اپوزیسیون ایران از جمله قاسملو بوده است، کما این‌که وی صاحب ایده ساخت بمب اتمی در ایران به‌عنوان سلاحی برای جایگزینی خسارت ناشی از مرگ خمینی بود.
این منبع خارج شدن رفسنجانی از دایره حاکمیت را ضعیف شدن رژیم ایران دانست و به الشرق الاوسط گفت «پاسداران و بسیجیها وقتی که فشار افزایش یابد و ناچار شوند سلاح خود را به سمت مردم بگیرند، نیروی خود را فقط از پول رژیم نمی‌گیرند بلکه از ولی‌فقیه می‌گیرند، و وقتی هیبت این ولی‌فقیه بشکند، بر عزم نیروهای حامی رژیم تاثیر می‌گذارد، به همین دلیل خروج رفسنجانی از حاکمیت، روحیه این نیروها را تضعیف می‌کند»، و کنار زدن رفسنجانی شروع پایان رژیم ایران است که پایگاهش جدا محدود شده است، اگر خمینی همه از جمله رفسنجانی و خامنه‌ای و خاتمی و موسوی و کروبی و سایرین را با خود داشت، خامنه‌ای جز احمدی‌نژاد و تعداد کمی از هوادارانش کسی را ندارد».
