اما در مقاطعی این امر محقق نشد و حتی برخی اظهارنظرهای دولتمردان گلایه های جدی را در حوزه‌های علمیه برانگیخت. به‌نحوی که در سفرهای استانی رئیس‌جمهور به قم شایعاتی شنیده شد که بعدها رنگ واقعیت به خود گرفت. یکی از این شایعات اجازه ملاقات ندادن از سوی برخی مراجع به احمدی نژاد  بود».
سایت حکومتی خبر آن لاین می افزاید :«آخوند سیدمحمد غروی یکی از اعضای شورای عالی حوزه علمیه قم ، از رابطه سرد دولت و مراجع سخن گفت و این‌که حتی دولت نسبت به این قضیه حساسیتی ندارد. عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم هشدار میدهد «هنگامی که مردم ببینند مرجعی به دولتی نظر مثبت ندارد و از اقدامات آن دلگیر است و دلواپسی دارد، آنها نیز دلنگران می‌شوند....».
به گفته آخوند سید محمد غروی یکی از دلایل روابط سرد حوزه با احمدی نژاد این است که « احمدی نژاد فکر میکرد نزدیکانش با عالم دیگر ارتباط دارند....».