رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، طی مصاحبه یی که در سایت رسمی خود منتشر کرده، با وجود رد هرگونه اختلاف با خامنه ای، اما از بکار بردن «رهبر معظم» نظام خود داری ورزید، و از وی تنها با عنوان آقای خامنه ای یا آیت الله خامنه ای یاد کرد.
وی طی  مصاحبه مفصلی که خبرگزاری حکومتی ایلنا، 26بهمن آن را منتشر کرده، به سابقه ارتباطش با خمینی و سایر آخوندها پرداخته، از جمله در مورد سابقه آشنایی خود با خامنه ای گفت: « من ۵ سال از آقای خامنه‌ای بزرگترم. ایشان از همان جوانی در خط مستقیمی حرکت کرده بودند...در مشورتها خیلی به اشتراک نظر می‌رسیدیم و در بعضی مواضع اختلاف کمی داشتیم»
 رفسنجانی در پاسخ به سوال که «چرا عده‌ای سعی می‌کنند به هر طریقی اختلاف شما را در جامعه القا کنند؟ تصریح کرد»: اولاً این را باید از این افراد پرسید که چرا سعی می‌کنند چنین اختلافی در جامعه القا شود» انتظار طبیعی این است که این حرفها در محافل خارج از کشور مطرح شود و دوستان و دلسوزان در داخل کشور با ارائه ادلّه فراوان، در ردّ آن بکوشند، اما الان می‌بینیم برعکس شده است. عده‌ای در داخل به اختلافاتی که هیچ وقت نبوده و نیست، دامن می‌زنند و خارجی‌ها هم که دنبال خوراک تبلیغاتی می‌گردند، لقمه‌های چرب و نرمی پیدا می‌کنند».
رئیس مجمع تشخیص مصلحجت نظام در ادامه پاسخ خود با یادآوری رابطه خود با خامنه ای از جمله افزود: چرا باید با هم اختلاف داشته باشیم؟ همین الان هر دو هفته یک بار با هم می‌نشینیم و درباره همه مسائل کشور بحث می‌کنیم. جلساتی است که چون ضبط نمی‌شود، هیچ محدودیتی در بیان مسائل نداریم».
وی در باره نامه معروف خود به خامنه ای در آستانه انتخابات رژیم گفت: «درباره نامه‌ای که در آستانه انتخابات خدمت ایشان فرستادم، خود آیت‌الله خامنه‌ای به من گفتند: درباره محتوای سراسر نامه ملاحظه‌ای ندارم و فقط زمان انتشار آن را اگر بعد از انتخابات بود مناسب می دانستم. ولی می‌بینید که دوستان و دشمنان چه تحلیل هایی نوشته‌اند!