شماری از تحلیل گران تاسیس این نهاد را گامی در جهت محدود کردن مجمع تشخیص مصلحت نظام که ریاست آن را اکبر هاشمی رفسنجانی بر عهده دارد دانستند. در اصل مجمع تشخیص مصلحت نظام برای حل اختلاف میان شورای نگهبان و مجلس ارتجاع تاسیس شد. اما پس از آن این مجمع به یکی از ابزارهای رهبری برای حل و فصل اختلاف میان قوا تبدیل شد.
آخوند ممدوحی سه شنبه در گفتگو با سایت اصولگرای "نسیم"گفت دستور رهبری برای تشکیل "هیأت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوا" نشان‌دهنده ضرورت وجود چنین هیأتی برای رفع اختلافات است. او در این باره تاکید کرد که حکمیت هاشمی رفسنجانی در مجمع تشخیص مصلحت نظام بی‌طرفانه نبود و این مجمع نتوانست در تنظیم روابط قوا عملکرد مناسبی داشته باشد .
این عضو مجلس خبرگان ارتجاع با بیان اینکه زاویه‌ای که رفسنجانی برای خود ایجاد کرد، باعث از دست رفتن توانایی مجمع تشخیص مصلحت نظام در حکمیت میان قوا شد، تاکید کرد:" در واقع مجمع کار ارزشمند حکمیت را از دست داد، چراکه حکمیت هاشمی رفسنجانی بی‌طرفانه نبود و حکمیت مجمع نمی‌توانست مورد قبول قوا باشد."
آخوند ممدوحی همچنین به ترکیب فعلی هیأت رفع اختلافات اشاره کرد و گفت: "کسی که قرار است حکمیت کند باید بی طرف باشد و افرادی که امروز رهبری تعیین کرده‌اند به جریان و گروه خاصی وصل نبوده و کاملا بی‌طرف هستند."
محمد حسن ابوترابی، مرتضی نبوی، عباسعلی کدخدایی و صمد موسوی خوشدل اعضای هیات عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوا هستند که از سوی خامنه ای برگزیده شده اند.
