دستگیری وی با مداخله نیروی انتظامی و پرتاب گاز اشک آور صورت گرفت. تعدادی از گردانندگان روزنامه ایران وابسته به باند احمدی نژاد نیز در این حمله دستگیر شدند
رسانه های حکومتی که به طور گسترده این خبر را تحت پوشش قرار دادند، از جمله نوشتند: جوانفکر صبح امروز با حکم دادستانی بازداشت و از ساختمان روزنامه ایران با دستبند خارج شد. دستگیری جوانفکر در ابتدا با مقاومت برخی از نزدیکان وی به درگیری تبدیل شد که پس از ورود به موقع نیروهای انتظامی اختلافات پایان پذیرفت.
متعاقبا یک رسانه حکومتی دیگر در این مورد خبر داد: مأموران اعزامی دادستانی با گاز اشک آور به دفتر روزنامه رسمی رژیم  حمله کردند و شماری از گردانندگان آن را دستگیر کردند.  جوانفکر هم در دفتر کارش تحصن کرده است. این رسانه بعد از نام بردن اسامی دستگیرشدگان نوشت: روزنامه مملو از دود گاز اشک آور شده است. «نماینده دادستانی به همراه نیروهای انتظامی امروز جهت اجرای حکم به محل روزنامه ایران مراجعه کرده اند که خبرها از این روزنامه حاکی است جوانفکر تاکنون خود را تسلیم قانون نکرده و در دفتر خود تحصن کرده است. ...شایعه شده که احمدی نژاد تا دقایقی دیگر در محل روزنامه ایران حاضر می شود.
مشاور احمدی نژاد در باره چگونگی دستگیری خود، گفت: «متاسفانه دوستانی از دادستانی به دفتر روزنامه ایران مراجعه کردند و به رغم این‌که آن‌ها را دعوت به آرامش و صبر کردم تا اقدامات لازم در سطح بالا صورت بگیرد، ولی آن‌ها حاضر به همکاری نشدند. آن‌ها ملاحظه شرایط مرا نکردند، من نماینده دولت و مشاور رییس‌جمهور هستم و دولت یعنی نماینده مردم. آن‌ها باید پاسخگوی این رفتار خود باشند. مرا هر گاه به دادگاه احضار کرده‌اند برای ارائه توضیحات رفته‌ام و اگر این‌بار نیز مرا می‌خواندند این کار را انجام می‌دادم و احتیاجی به این اقدامات نبود.
جوانفکر از مداخله مستقیم احمدی نژاد برای آزادی وی خبر داد و گفت: «آقای رییس‌جمهور نیز تلاش می‌کردند که این مساله به خوبی حل شود.
احمدی نژاد پیش از این گفته بود که دستگیری اعضای کابینه او خط قرمز است و در برابر آن واکنش نشان خواهد داد.
یک رسانه حکومتی نیز از مداخله سران رژیم برای حل این بحران خبر داد و نوشت: علی اکبر جوانفکر مدیرعامل موسسه مطبوعاتی ایران دقایقی پیش با رایزنی های صورت گرفته توسط مقامات ارشد آزاد شد.
منبع: جهان نیوز، عصر ایران، فارس: 900830