رسانه حکومتی دنیای اقتصاد در 8 اسفند 1390 نوشت: کامران دانشجو به نیابت از محمود احمدی‌نژاد، رییس شورای‌عالی انقلاب فرهنگی حکم فرهاد دانشجو را برای ریاست 4 ساله بر دانشگاه آزاد ابلاغ کرد. در این حکم خطاب به فرهاد دانشجو آمده است: بنا به پیشنهاد هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی و رای اکثریت قاطع شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه 705 مورخ 27/10/1390 و طبق مصوبه «الحاق یک تبصره جدید به بند ه ماده 12 اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامی» جلسه 707 مورخ 1390/11/25 شورای عای انقلاب فرهنگی و در اجرای نامه شماره 90/14577/دش مورخ 1390/12/7 رییس محترم جمهور و رییس شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر تفویض در صدور حکم رییس دانشگاه آزاد اسلامی توسط وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، به موجب این حکم جنابعالی به مدت چهار سال به ریاست دانشگاه آزاد اسلامی منصوب می‌شوید.
سایت تلویزیون العربیه در توضیح این خبر نوشت: ریاست دانشگاه آزاد بمدت 2،5 سال جنگ بین احمدی نژاد و رفسنجانی است. رفسنجانی بعنوان  رئیس هیئت امنای این دانشگاه بایستی حکم رئیس این دانشگاه را امضا کند. از طرف دیگر احمدی نژاد بعنوان رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی تعیین رئیس این دانشگاه را حق شورای عالی فرهنگی میداند که فرهاد دانشجو را انتخاب کرده اند. رفسنجانی حاضر نشد که این حکم را امضا کند و احمدی نژاد برای اینکه مستقیما آنرا امضا نکرده باشد  به وزیر علوم امضای این حکم را واگذار کرد