به گزارش سایت حکومت دیگربان در 19 اسفند 1390 مدیر سایت‌های «قم‌نیوز» و «روات حدیث» تشکیل «شورای عالی مجازی» با عضویت سه نهاد امنیتی به دستور علی خامنه‌ای را اقدامی «اشتباه» خواندند.
علی پور‌طباطبایی مدیر سایت‌های «قم‌نیوز»  در وبلاگ خودش نوشت که تشکیل این شورا نمی‌تواند مشکلات فضای مجازی را برطرف کند و در آینده به شورایی «منفعل و یک مرکز دولتی کم خاصیت» تبدیل خواهد شد. وی در این یادداشت از حضور سپاه٬ وزارت اطلاعات و پلیس در این شورا انتقاد کرده و نوشت که حضور آن‌ها منجر به غلبه نگرش امنیتی بر فضای «شورای عالی مجازی» خواهد شد. و نگرش امنیتی به فضای مجازی، هر حرکتی، توطئه تلقی خواهد کرد و اولین پاسخ به هر اعتراضی، برخورد سنگین خواهد شد.»
اعلام تشکیل این شورا از سوی گروهی از «سربازان جنگ نرم» نیز با استقبال روبرو نشده و آن‌ها انتقاد‌های فراوانی به ترکیب اعضای این شورا دارند
علی خامنه‌ای٬ روز ۱۷ اسفند 1390  دستور تشکیل «شورای عالی فضای مجازی» را صادر و اعضای آن را مشخص کرد. خامنه‌ای هدف از تشکیل «شورای عالی فضای مجازی» را «مقابله با آسیب‌های اینترنت و استفاده از فرصت‌های» آن عنوان کرده است