به گزارش یورو نیوز22اردیبهشت1391, وی درگفتگویی با خبرگزاری رویترز گفته است که حماس یک جنبش فلسطینی است و درگیر مسایل منطقه ای نخواهد شد. این اولین بار نیست که دبیرکل حماس موضع متفاوتی نسبت به یکی از اصلی ترین متحدان منطقه ای خود، ایران پیش می گیرد.
 
آقای هنیه در بهمن ماه گذشته، در قاهره از مخالفان دولت بشار اسد حمایت کرده و گفته بود:“ مخالفان بشار اسد قهرمانانی هستند که برای آزادی و اصلاحات در کشورشان مبارزه می کنند.” این در حالیست به گفته معاون عربی و آفریقایی وزارت امور خارجه خط مشی اصلی سیاستهای ایران درقبال سوریه “حمایت از بشار اسد در هر شرایطی است.”(گفتگو با روزنامه شرق)
 
 رهبر سیاسی حماس در ادامه گفتگویش با رویترز اعلام کرده است که مقامات ایرانی، هم در اینباره، یعنی حمله احتمالی اسراییل به کشورشان،  کمکی از این سازمان فلسطینی نخواسته اند. به اعتقاد هنیه “در صورت حمله اسراییل، ایران نیازی به کمک حماس نخواهد داشت.“
 
اسماعیل هنیه در بخش دیگری از سخنانش گفته است که هر گونه حمله احتمالی اسراییل به ایران تبعات غیر قابل جبرانی را برای کل منطقه به بار می آورد.
 
در بهمن ماه سال گذشته نیز سید حسن نصرالله، دبیرکل سیاسی حزب الله لبنان،گفته بود “در صورت حمله اسرائیل به تجهیزات هسته ای ایران، این کشور از حزب الله لبنان چیزی نخواهد خواست.”