اتهام اصلی حسنی مبارک این بود که آیا او را در توطئه برای کشتن تظاهرکنندگان در اعتراضات ضددولتی مصر که منجر به کناره‌گیری او از قدرت شد، گناهکار است یا خیر، هم‌چنین وی به فساد نیز متهم بود اما تنها به دلیل صدور دستور کشتار تظاهرکنندگان به حبس ابد محکوم شد. مبارک از اتهام فساد و سودجویی، تبرئه شد.
به گزارش شبکه خبری اسکای نیوز عربی، این دادگاه در عین حال "حبیب العادلی"، وزیر کشور مبارک را به اتهام دستور تیراندازی به تظاهرکنندگان به حبس ابد محکوم کرد اما شش تن از دستیاران ارشد او تبرئه شدند.
هم‌چنین علاء و جمال مبارک، فرزندان حسنی مبارک درخصوص اتهامات مربوط به سوءاستفاده از قدرت به دلیل "احراز حق بر اثر مرور زمان" تبرئه شدند.
با اعلام احکام از سوی قاضی دادگاه، خانواده‌های قربانیان انقلاب مصر نسبت به احکام صادره و رای دادگاه اعتراض کردند و شعار "مردم خواهان براندازی نظام هستند" و "مردم خواهان اعدام مبارک هستند" را سر دادند و درگیری‌هایی در داخل دادگاه روی داد که دست کم یک تن در آن زخمی شد.
در بیرون ساختمان دادگاه نیز جوانان انقلابی و خانواده‌های قربانیان در اعتراض به احکام صادره تظاهرات کردند و درگیری‌های با طرفداران مبارک به وجود آمد.
مردم مصر نیز با تجمع در میدان التحریر قاهره که خاستگاه انقلاب مصر محسوب می‌شود، نسبت به احکام صادر شده اعتراض می‌کنند.
"احمد رفعت"، قاضی ارشد دادگاه حسنی مبارک، پس از ورود رئیس‌جمهوری پیشین مصر با هلیکوپتر به محل دادگاه در آکادمی پلیس در حومه قاهره، شروع به قرائت رای کرد.
حسنی مبارک، یازده فوریه ۲۰۱۱ پس از تقریبا سی سال حکومت، از سمت خود کناره گیری کرد.
او به دنبال تظاهرات وسیع مردم که برای روزها ادامه یافت، استعفای خود را اعلام کرد.
حسنی مبارک، اولین رهبر سابق کشورهای عربی است که از آغاز اعتراضات موسوم به "بهارعربی" شخصا محاکمه شده است.
دادستان خواستار اعدام حسنی مبارک ۸۴ ساله با طناب دار شده بود.
در ماه مه گذشته دادستان کل کشور مصر اعلام کرد که حسنی مبارک به اتهام توطئه برای کشتن بیش از ۸۵۰ تظاهرکننده در اعتراضات ۱۸ روزه این کشور محاکمه می‌شود. این اعتراضات مبارک را مجبور به کناره‌گیری از قدرت کرد.
در ماه اوت حسنی مبارک که براساس گزارش‌ها دچار مشکلات قلبی بود، با یک برانکار به دادگاه منتقل شد.  این محاکمه از آغاز با دشواری‌هایی روبرو بود چرا که هیچ‌کدام از شاهدان گواهی‌های متقنی ارائه نکرده‌اند. پنج شاهد نخست دادگاه شهادت خود را مبنی بر اینکه به پلیس دستور تیراندازی داده شده بود، پس گرفتند.
گفته می‌شود که محمد حسین طنطاوی، رئیس شورای عالی نیروهای مسلح و وزیر دفاع سابق مصر در خفا شهادت داده است که ارتش هرگز دستور تیراندازی به تظاهرکنندگان را دریافت نکرده بود. این دادگاه همچنین بین ماه‌های سپتامبر تا دسامبر به دلیل ادعای جانبداری قاضی -که بعدها رد شد- به حالت تعلیق درآمد.
در آخرین مرحله دادگاه که در ماه ژانویه برگزار شد، دادستان کل استدلال کرد که غیرممکن است حسنی مبارک به پلیس دستور شلیک نداده باشد.
وکلای مدافع نیز استدلال کردند که هنگام کشته شدن تظاهرکنندگان، ارتش مسئول برقراری امنیت بوده است، چرا که حسنی مبارک در این زمان مقرارت منع آمدوشد وضع کرده و مسئولیت‌ها را به فرمانده کل ارتش واگذار کرده بود. بنابراین پلیس نمی‌توانسته است از متهم دستور بگیرد.
خبرنگاران می‌گویند اگرچه اغلب ناظران معتقدند که دادگاه نسبتا منصفانه برگزار شده است، دادستان کماکان می‌گوید که از دسترسی او به بخشی از مهم‌ترین شواهد مربوط به پرونده جلوگیری کرده‌اند.
به گفته دادستان، دادگاه حاضر به بررسی مکالمات تلفنی وزارت کشور در ساعات حساس اعتراضات و زمان کشته شدن تظاهرکنندگان نشده است و بسیاری از اعضای حلقه درونی دولت در دادگاه شهادت نداده‌اند. دادستان همچنین به این موضوع که باقی شهادت‌ها پشت درهای بسته ارائه شده، معترض است.
یکی دیگر از اتهامات حسنی مبارک این بود که به حسین سالم کمک کرد تا بیش از ۷۰۰ میلیون دلار پول عمومی حاصل از فروش گاز طبیعی به اسرائیل را به جیب بزند.
اتهام دیگر او این است که به شرکت حسین سالم برای خرید زمین‌های دولتی در ساحل دریای سرخ به قیمتی کمتر از بهای واقعی، مجوز داده و در مقابل ۵ ویلا به قیمت بیش از ۶ میلیون دلار از او گرفته است.