مهدی فخری زاده در دو سال اخیر برای در امان ماندن از ترورهایی که دانشمندان هسته ای ایرانی را هدف قرار داده بود، از نظرها پنهان شده بود.
بنا به گزارش العربیه 13شهریور1391، روزنامه تایمز به نقل از یک گروه اپوزیسیون ایرانی نوشته است که مهدی فخری زاده هم اکنون به مدیریت مرکز تکنولوژی دفاع در تهران منصوب شده است. این انتصاب به دستور خامنه ای صورت گرفته تا روند ساخت کلاهک هسته ای تسریع شود. این گزارش در حالی منتشر شده است که آژانس بین المللی انرژی اتمی هفته گذشته در گزارشی تأکید کرد که ایران توانایی های خود برای غنی سازی اورانیوم در نیروگاه اتمی فردو را دو برابر کرده است.
تایمز در تاریخ 12شهریور1391 نوشت: محسن فخری زاده از جمله مقاماتی است که سال گذشته به دلیل ارتباطشان با برنامه موشک های اتمی و بالستیکی ایران، در لیست تحریم های سازمان ملل متحد قرار گرفت.