پس از تأسیس و شکل، گیری نهادهای گوناگون، اش، وزارت اطلاعات رشته، یی ازعملیات تروریستی، فعالیت، های اطلاعاتی و جنگ روانی و شیطان سازی علیه مجاهدین و مقاومت ایران را در دستور کار خود قرار داد که تا امروز ادامه دارد.
در راس  اهداف وزارت اطلاعات از بدو تأسیس تاکنون همواره توطئه ترور آقای مسعود رجوی مسئول شورای ملی مقاومت بوده است
مسئولیت این توطئه در وزارت اطلاعات برعهده معاونت خارجی وزارت اطلاعات گذاشته شد که در رأس آن  آخوند محمد حجازیⁱ قرار داشت. در آن زمان  سعید امامی بعنوان یکی از مدیران کل در اجرای این توطئه کار می، کرد.
یکی از افسران عملیاتی حجازی در فرانسه و سوئیس که دست‌اندرکار این طرح بود محمود رجبیⁱⁱ نام داشت که در ارتباط با سعید امامی بود. محمود رجبی قبل از تشکیل وزارت اطلاعات با اطلاعات سپاه فعالیت می‌کرد و به‌همراه پاسدار اطلاعاتی دیگری به‌نام رضا طباطبائی در سال1361 با پاسپورت دیپلوماتیک به فرانسه رفته بود. مأموریت این دو نفر از طرف سپاه پاسداران طراحی و اجرای عملیات ترور علیه مسئول شورای ملی مقاومت بود. ابوالقاسم مصباحیⁱⁱⁱ معروف به شاهدC در شهادت خود در مقابل مراجع قضایی آلمان و سوئیس تصریح می‌کرده: در سال1361 دو عضو سپاه پاسداران انقلاب به‌نام رضا طباطبایی و محمود رجبی با پاسپورت دیپلوماتیک به پاریس رفتند. استفاده از پاسپورت دیپلوماتیک به‌این منظور بود که به آنها اجازه دهد که از موقعیت مصونیت دیپلوماتیک برخوردار باشند. مأموریت این دو نفر این بود که مسعود رجوی را به قتل برسانند اما به‌دلیل اقدامات حفاظتی طرح سوء‌قصد در آن زمان تغییر کرد و طباطبایی و رجبی سال84 به ایران بازگشتند. پس از باز گشت به ا یران، محمود رجبی به وزارت اطلاعات منتقل و در معاونت خارجی سازماندهی شد. وی بار دیگر از طرف معاونت خارجی اطلاعات با پاسپورت عادی به فرانسه اعزام شد و درخواست اجازهٌ اقامت دانشجویی کرد که با اقامت او موافقت شد. شاهدC می‌گوید «مأموریت رجبی این بود که تمامی فعالیتهای مجاهدین خلق حول رجوی را کشف کند. او تمامی افراد با نفوذ حول رجوی را شناسایی کرد و طرحی از مکانها و جلسات تهیه کرد تا نهایتاً به تهران بدهد». این طرح بر اثر هوشیاری مجاهدین به شکست انجامید و رژیم قدرت پیشروی پیدا نکرد.

ادامه توطئه، ها در سوئیس

در اردیبهشت 1365  محمود رجبی که در آن زمان در ژنو بود، مطلع شد که رهبر مقاومت احتمالاً از طریق سوئیس به عراق خواهد رفت. این اطلاعات از طریق وزارت اطلاعات به وزارت خارجه داده شد و  سفیر وقت رژیم در سوئیس با ملاقاتهای متعدد خواهان این شد که در صورت مسافرت رهبر مقاومت به سوئیس انترپل اقدام به دستگیری وی نماید. هم‌زمان وزارت اطلاعات محمود رجبی را مأمور کرد تا ترور رهبر مقاومت در سوئیس را طراحی کند. رجبی به تهران گزارش داده بود که در صورت مسافرت رجوی به سوئیس اجرای این طرح عملی‌تر از اجرای آن در فرانسه است.
اما زمینه چینی ها و طراحی های رژیم در سوئیس نیز به جایی نرسید و با شکست مواجه شد.
 ریشهری و انفجارهای پاریس در ماه، های دی و بهمن 1365 موجی از سوءقصد و انفجار پاریس را در بر گرفت. یکی از مسئولین این انفجارها به‌نام فؤادعلی صالح حین حمل مواد منفجره دستگیر شد و لطفی‌بن خلاء یکی دیگر از آنها خود را به پلیس فرانسه تسلیم کرد. آنها فاش ساختند که طرح بمب‌گذاریهای فرانسه را ریشهری وزیر اطلاعات رژیم ایران با رفیق دوست وزیر سپاه پاسداران به رفسنجانی و خامنه‌ای داده‌اند تا به این ترتیب فرانسه را مجبور کنند که تسلیم خواستهای رژیم آخوندی بر سر میز مذاکره بشود. این طرح توسط شخص خمینی تصویب شده  و سپس به اجرا در آمده بود.

ترور دو خلبان ایرانی

علی‌اکبر محمدی خلبان سابق رفسنجانی که در آلمان پناهنده شده بود صبح روز جمعه 16 ژانویه 1987 در شهر هامبورک آلمان با اصابت 6گلوله از نزدیک  ترور شد. رفسنجانی توسط تروریستهای وزارت اطلاعات از خلبان فراری خود انتقام گرفت. در 10 اوت 1987  احمد طالبی خلبان F14 که در سوئیس پناهندهٌ سیاسی بود، به‌وسیلهٌ دو مرد ناشناس در مقابل هتل ادلویس در محله ده‌پاکی ژنو به‌ضرب گلوله به‌قتل رسید. این دو ترور با طراحی و اجرای وزارت اطلاعات انجام شد.

ربودن ابوالحسن مجتهد‌زاده در ترکیه

بعداز عملیات فروغ جاویدان در تیرماه 1367، وزارت اطلاعات در درون رژیم به‌شدت مورد انتقاد قرار گرفت که چرا از برنامهٌ عملیات مجاهدین به‌موقع مطلع نبوده است و از این وزارتخانه می‌خواستند که گزارشی از وضعیت مجاهدین بدهد. وزارت اطلاعات برای بدست آوردن این اطلاعات تصمیم به ربودن یکی از مجاهدین در ترکیه کرد.
در تاریخ19 آذر 1367 وزارت اطلاعات  با استفاده از دیپلومات تروریستهای رژیم در ترکیه اقدام به ربودن ابوالحسن مجتهدزاده در شهر استانبول کرد. دراین طرح 11ترویست وزارت اطلاعات شرکت داشتند که 4نفر آنها دارای پاسپورت دیپلوماتیک بودند. تروریستها به‌مدت چند روز مجتهد‌زاده را در کنسولگری رژیم در استانبول زندانی کرده و تحت بازجویی قرار دادند.
سفیر رژیم در آن زمان در ترکیه منوچهر متکی بود که در هماهنگی کامل با وزارت اطلاعات را پیش میبرد. منوچهر متکی بعداً وزیر خارجه دولت پاسدار احمدی نژاد شد.
 آنها با تدابیر ویژه و با استفاده از خودرو دیپلوماتیک، اقدام به  انتقال ابوالحسن  مجتهدزاده کردند. اما در مسیر انتقال به ایران، مجتهدزاده در حالی‌که در صندوق عقب خودرو طناب پیچ شده بود، توانست از دست ربایندگان بگریزد.

تصمیم و اقدام به ترور دکتر کاظم رجوی شهید بزرگ حقوق بشر

تصویب اولین قطعنامهٌ محکومیت نقض حقوق بشر توسط رژیم آخوندی در مجمع عمومی ملل متحد در پاییز64، که دکتر کاظم رجوی نقش تعیین کننده‌یی در آن ایفا کرد، خشم و کین خمینی را نسبت به او شعله‌ورتر کرد. خمینی در سال65  فتوا و دستور قتل دکتر کاظم را صادر کرد و از اردیبهشت 1367 اجرای این ترور در دستور ارگانهای تروریستی رژیم قرار گرفت. ابتدا اجرای این ترور در دستور کار واحد اطلاعات سپاه به ریاست پاسدار احمد وحیدی قرار داشت. اما از اواسط سال67 به پیشنهاد ریشهری وزیر اطلاعات وقت و موافقت رفسنجانی، این مأموریت به وزارت اطلاعات سپرده شد.
ریشهری گروهی از زبده‌ترین تروریست ها را برای این جنایت رذیلانه دست‌چین نمود. در  اسفند 1367
 (4 ماه قبل از مرگ خمینی دجال) ریشهری طی نامه‌یی 12نفر از تروریستها را که جهت این عملیات جنایتکارانه در نظر گرفته بود، برای تکمیل آموزش و تمرین بر روی طرح در شرایطی عملیاتی به "سرهنگ مسعود مزینی‌راد" مربی آموزشی مدرسهٌ ضدجاسوسی واقع در پادگان لویزان معرفی نمود. ریشهری در نامه خود ضمن معرفی آدم، کشان مزبور نوشته بود:« به آقایان دانش، عراقی، فاضلی، کمالی، سجادیان و… آموزش کامل بدهید!…»^iv.

وزارت اطلاعات و مذاکره حول گروگانها

مذاکره و چانه‌زنی حول گروگانهای خارجی در لبنان یکی از کارهای وزارت اطلاعات بود. سعید امامی یکی از گردانندگان همین مذاکرات بود.
   - در بهمن 1367 سعید امامی با دوما وزیر خارجهٌ وقت فرانسه که آن‌موقع مشاور رئیس جمهور بود در ژنو ملاقات می‌کند. شاهد C تصریح می‌کند که در بهمن 67  به اتفاق سعید امامی با دوما در ژنو ملاقات کردیم موضوع مذاکرات آزادی گروگانهای فرانسوی در لبنان بود…
   - شاهدC می‌گوید به‌همراه امامی به آلمان رفتیم و با سیاستمداران (حزب سوسیال دموکرات) به نامهای ویگل و اپلر در در مرداد 67 ملاقات کرده و در مورد گروگانهای این کشور مذاکره کردیم.
--------------------------------------------------------------

[i] آخوند محمد حجازی از نزدیکترین افراد به خامنه ای همواره بوده است که بعداز ولی فقیه شدن خامنه ای مسئول “کمیته عملیات ویژه“ (کمیته امور ویژه) شد که معادل “دفتر ویژه اطلاعات شاه“ است که وزارت اطلاعات و دیگر ارگانهای اطلاعاتی به آن گزارش میدهند و در زمان فلاحیان کلیه ترورها و قتلهای زنجیرهای زیر نظر کمیته عملیات ویژه به ریاست آخوند حجازی انجام شد و در حال حاضر نیز بالاترین نقش را در تصمیم گیریهای جنایات و ترور برای خامنه ای بعهده دارد

[ii] محمود رجبی همان کسی است که در سالهای بعد در جریان قتلهای سیاسی و زنجیره‌یی دست داشت و از او با نام مستعار محمدی نیز اسم برده می‌شود. وی که در جریان این قتلها دستگیر شده بود، به‌خاطر شرکتش در ترورهای خارج کشور و در وحشت از افشا شدن نقش رژیم در این ترورها سریعاً آزاد شد.

[iii] ابوالقاسم مصباحی معروف به شاهدC که در 25 سپتامبر 1996 در رابطه با پرونده دادگاه میکونوس نزد یوست دادستان عالی در دیوان عالی کشور آلمان شهادتش را شروع کرد,

[iv] اسامی مندرج در این نامه، همان نام هایی است که پلیس سوئیس هویت آنها را بعنوان قاتلان شناسائی کرده است.