آیت الله امینی بدلیل مخالفت با دیکتاتوری شاه و هوادارای از سازمان مجاهدین خلق ایران، در دهه ۵۰ توسط ساواک دستگیر و تحت شکنجه قرار گرفت و مدتها در زندان بسر برد.
خمینی از همان اوایل حکومت ننگینش میخواست آیت الله امینی را با توجه به سوابق مبارزاتی و موقعیت علمی و تحصیلاتش در نجف و قم، در کنار خود داشته باشد و به همین خاطر امتیازهای مادی و پستهای کلیدی به او پیشنهاد کرد اما او که با نظریه ولایت فقیه بشدت مخالف بود از همان ابتدا از خمینی فاصله گرفت و خود را به لوث این رژیم و جنایات ضد بشری اش آلوده نکرد و تبعید و غربت را به مقامات حکومتی ترجیح داد. او از اوایل دهه ۶۰ و پس از شروع اعدامهای دستجمعی، راهی تبعید شد و ۳۰ سال را در غربت بسر برد.
مریم رجوی طی پیامی در گذشت این روحانی وارسته را که علیرغم سکه رایج دوران حاضر به تن دادن به خواستهای رژیم ضد اسلامی و ضد انسانی خمینی و خامنه ای نشد و در مقابل این رژیم ایستاد و در مقاطع مختلف از مجاهدین حمایت میکرد، به فرزندان و خانواده و دوستان آن مرحوم صمیمانه تسلیت گفت و برای آن فقید عزیز آمرزش و علو درجات و برای بازماندگان ایشان صبر و پایداری آرزو کرد.