پاسدار جعفری سرکرده کل سپاه، آخوند روحانی را به طور مستقیم در یک سخنرانی مورد هدف قرارداد. وی گفتگوهای اتمی را به باد حمله گرفت و گفت رژیم ایران بسیار داده و کم گرفته است. به گفته پاسدار جعفری، مهمترین صحنه‌ی تهدید علیه رژیم آخوندی (که سپاه طبعا وظیفه حفاظت از آن را دارد)، صحنه سیاسی است و سپاه نمیتواند در برابر آن ساکت بماند. سپاه پاسداران، برنامه اتمی رژیم را مایه غرور ملت می داند.
بگفته یک تحلیلگر، توافق اتمی ژنو و برچیده شدن برنامه هسته‌ای، ایدئولوژی سپاه را مورد تهدید قرار میدهد. اما آخوند روحانی در مقابل، از گرم شدن روابط با غرب در ازای حل برنامه اتمی، استفاده میکند تا حضور اقتصادی سپاه را کمرنگ و در نتیجه نفوذ آنها را در کشور، کم کند. در اینجا تنش میان سپاه و آخوند روحانی اوج می گیرد.
به هنگام اجرای تحریمها علیه رژیم آخوندی، وزارت خزانه داری آمریکا گفته بود، سپاه بیلیونها دلار تجارت دارد. تجارتخانه های سپاه، منجمله  شامل شرکتهای ساختمانی و سهام در شرکت بزرگ ارتباطات است. این شرکتها در مشارکت با «ستاد اجرای امام» که 95 بیلیون دلار ثروت دارد و تحت کنترل شخص خامنه ای است، به صورت تنگاتنگ کار میکنند. به این ترتیب در زمان تحریمها، سود سپاه بسیار بالا رفت.
وزیر راه و ترابری کابینه آخوند روحانی میگوید، این وزارتخانه قراردادی با شرکت ساختمانی خاتم برای تکمیل شاهراه تهران - شمال ندارد. قرارگاه موسوم به خاتم، یکی از بزرگترین شرکتهایی است که به وسیله سپاه اداره و کنترل میشود و رئیس آن پاسدار عبادالله عبداللهی است. وی چند روز قبل از آن گفته بود این شرکت با وزارت راه و ترابری قرارداد دارد. این تنها یکی  از نمونه های گلاویز شدن این دو جناح است.
پاسدار جعفری، اما در برابر حملات باند رقیب در ماه دسامبر 2013 گفت، احمدی نژاد سپاه را یاری کرد تا در مسایل اقتصادی درگیر شود. اما ما به آقای روحانی گفتیم اگر بخش خصوصی میتواند پروژه‌ها را محقق کند، سپاه حاضر است کنار بکشد و حتی قراردادهای خود را لغو کند.
بعضی از سرکردگان ارشد سپاه، این را برجسته میکنند که توقف غنی سازی اورانیوم ممکن است یک سرازیری بسوی برچیدن کامل برنامه هسته‌ای کشور باشد. البته در حال حاضر با توجه به حمایت خامنه‌ای و وضعیت اقتصادی، سپاه گزینه دیگری ندارد.
پاسدار سنایی‌راد، معاون سیاسی سپاه با اشاره به تجربه لیبی میگوید، معمر قذافی ابتدا قبول کرد برنامه هسته‌ای خود را برچیند اما بعد بوسیله غرب مورد حمله قرارگرفت و سرنگون شد.
رویتر – 21 بهمن92