فرهادی با 197رأی موافق و 28 رأی مخالف وزیر علوم کابینهٴ آخوند روحانی شد.
فرهادی برای جلب اعتماد، نامهیی را که با امضای او منتشر شده بود را تکذیب کرد و گفت: صراحتاً میگویم من هیچ نامهیی که مربوط به فتنه 88 باشدامضا نکردم و حالا، این که اسم من هست یا نیست نمیدانم موضوع چه بوده است.
وی همچنین گفت: فتنه خط قرمز ماست و فرمان خامنهای در این خصوص فصلالخطاب ماست.
آخوند روحانی نیز از باند خامنهای برای گرفتن رأی اعتماد خواهش و تمنا کرد و گفت: برای پنجمین بار خدمت رسیدیم... رأی اعتماد به وزرا پیوند مبارکی بین مجلس و دولت است.
مطهری، در مخالفت با وزیر پیشنهادی گفت: رأی مثبت به فرهادی عبور از خط قرمز پیشین مجلس است و فرهادی با مصداقهای گذشته فتنهگر است. با منطق اکثریت مجلس در انتخاب وزیر علوم، فرهادی صلاحیت وزارت ندارد.
5آذر93