وی بعد از  محمدرضا رحیمی, معاون اول دولت پاسدار احمدی نژاد, دومین مقام ارشد به حساب می آید که توسط قضاییة آخوندها مورد پیگرد قرار گرفته است. حمید  بَقایی از اوایل سال ۱۳۹۰ تا پایان دولت احمدی نژاد در مرداد ۹۲ معاون اجرایی وی بود. بقایی مدتی سرپرستی نهاد ریاست جمهوری رژیم را به عهده داشت. پیش از او، اسفندیار رحیم مشایی، سرپرست نهاد ریاست جمهوری بود. گفته میشود که حمید بقایی در سالهای پایانی جنگ ضدمیهنی، در وزارت اطلاعات و مدیریت ستاد بحران رژیم بود.