وی که در بند ۳۵۰ زندان اوین زندانی است، از بیماریهای کلیوی، گوارشی و فشار خود رنج می برد و تا کنون دو بار در زندان دچار سکته قلبی شده است.
محمد صدیق کبودوند در تاریخ ۱۰ تیرماه سال ۱۳۸۶ بازداشت و از سوی دادگاه ارتجاع به ۱۰ سال و ۶ ماه حبس تعزیری محکوم شده است. اتهام وی از جمله اقدام علیه امنیت رژیم و تبلیغ علیه نظام عنوان شده است.