اختلاف میان روحانی و خامنه ای از جلسات مخفی به صحنه های علنی کشیده شده است. نحوه اداره امور خارجی و داخلی موضوع اختلاف میان علی خامنه ای و حسن روحانی است.
گزارشها نشان می دهد خامنه ای مانع حضور عناصر دفتر حسن روحانی در برخی جلسات می شود. گزارشهای زیادی در مورد استعفای مقامهای دولتی، استانداران و فرمانداران در شهرهای مختلف ایران وجود دارد.
قدردانی خامنه ای از اسحاق جهانگیری معاون اول روحانی بعنوان سرمدار مبارزه با فساد باعث شده است که روابط میان روحانی و خامنه ای تیره تر شود.
اقتصاد نیز موضوع دیگری برای ایجاد اختلاف میان طرفین شده است.
خامنه ای هر درخواستی از طرف روحانی برای دست یابی به پولهای بلوکه شده در کشورهای غربی و بکار گیری آنها توسط دولت را رد می کند. در حالیکه او این پولها را در توسعه زرداخانه اتمی و موشکی، حمایت مالی از عملیات نظامی در خارج ایران از جمله جنگ سوریه و حمایت از شبه نظامیان حزب الله بکار می گیرد.
در حالیکه روحانی تلاش می کند سیاست خارجی را گسترش دهد خامنه ای بر اقتصاد مقاومتی تاکید می کند.
اختلاف میا ن طرفین به مراکز آموزشی نیز کشیده شده است . روحانی نسبت به مخالفت خامنه ای با ترویج زبان انگلیسی در ایران انتقاد دارد. خامنه ای می گوید آموزش این زبان باعث وابستگی به غرب می شود
 در چنین شرایطی کارشناسان عقیده دارند اختلافاتی اینچنینی میان قدرتهای سیاسی و دینی مانع از آن خواهد شد که روحانی برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری پیروز شود
العربیه  ۲۵ اردیبهشت ۹۵