دلیل خمینی برای اعدام این بود که قربانیان، مخالف رژیمش هستند.  بنا به گفته حسن هاشمیان کارشناس امور ایران مقامهای رژیم خمینی از متهمین سؤال می کردند آیا تو طرفدار مجاهدین خلق هستی یا نه، در صورتیکه متهمین کلمه مجاهد را بکار می بردند فورا اعدام می شدند.
این جزئیات بعد از آن برملا شد که نوار صوتی سال ۱۹۸۸ حسینعلی منتظری جانشین خمینی منتشر شد. او نسبت به قتل عام مخالفان هشدار داد.
منابع مطلع گفتند احمد، فرزند منتظری توسط وزارت اطلاعات رژیم ایران تحت فشار قرار گرفت تا نوار صوتی منتظری را که مربوط به 28 سال پیش است بعد از چند ساعت از روی سایتش بردارد.
حسن هاشمیان به اسکای نیوز گفت بعضی کسانی که این اعدام ها را انجام داده اند و بعنوان کمیته مرگ معروف اند، جنایتکارانی مانند مصطفی پور محمدی وزیر دادگستری دولت روحانی هستند.
او اضافه کرد اغلب جوانان ایرانی که بعد از این حادثه بدنیا آمده اند این افراد را نمی شناسند و فکر می کنند که آنها مصلحت گرا یا اصلاح طلب هستند ولی این نوار به مردم در داخل ایران نشان می دهد کسانی که بر آنها حکومت می کنند چه کسانی هستند.
او اضافه کرد رژیم ایران به مراتب از داعش بدتر است. این رژیم خونریز از اولین روز که توسط خمینی روی کار آمد، زیر زمین های مدرسه رفاه را به زندان و شکنجه گاه تبدیل کرد و پشت بامها را محل اعدام کرد.
از نظر حسن هاشمیان حادثه سال ۱۹۸۸ که منتظری در نوارش به آن اشاره کرده اعدام چند نفر نیست بلکه قتل عام است مجاهدین خلق می گویند نزدیک به ۳۰ هزار نفر در کمتر از دو ماه در این قتل عام اعدام شده اند.