اقدامات جنایتکارانه وی در زندان کهریزک و موارد متعدد از قتل، شکنجه و کشتار بازداشت شدگان قیام سال ۸۸ بدستور «قاضی مرتضوی» هنوز در حافظه تاریخی مردم ایران باقی مانده است. به یقین باید گفت که اگر این مجموعه از ابعاد افشاگرانه علیه وی و دیگر آمران کشتار مردم ایران نمی بود، هرگز مرتضوی جنایتکار «عذر خواهی» نمی کردند.

از جمله اقدامات سرکوبگرانه وی بعنوان متصدی سانسور، باید به تعطیلی کشاندن دادگاه مطبوعات و به تبع آن بستن بسیاری از نشریات و روزنامه ها در دوران آخوند خاتمی اشاره کرد. همچنین مرتضوی دارای سوابق اختلاس مالی منجمله در زمینه «فروش سوالات کنکور» و یا «انتقال پرونده بیمه های اجتماعی به بابک زنجانی در ازاء دریافت 5,2 میلیون یورو» می باشد.
به گزارش دانشنامه ویکی پدیا: «وی در مقام قاضی دادگاه مطبوعات و دادستان تهران صدها روزنامه و نشریه را توقیف کرد که اوج آن در اردیبهشت ۱۳۷۹ و توقیف فله‌ای مطبوعات بود.
مرتضوی بعنوان عامل اصلی توقیف فله‌ای مطبوعات و بازداشت روزنامه نگاران تا زمان عزلش شناخته می‌شد. در طول دوران دادستانی او بیش از ۱۲۰ روزنامه و نشریه به دستور وی توقیف شده‌اند.»
وی همچنین از آمران قتل روزنامه نگار ایرانی – کانادایی، زهرا کاظمی می باشد، پرونده ای که همچنان به مانند لکه ننگی بر دامان ولی فقیه نقش بسته است. همچنین پرونده خونین این کارگزار خامنه ای در سرکوب و جنایت بقدری سنگین است که اتحادیه اروپا در تاریخ ۲۳ فروردن ۱۳۹۰ سعید مرتضوی را به دلیل نقش سرکوبگرانه و جنایتکارانه اش در لیست سیاه خود قرارداد و بدین سان ورود وی به کشورهای عضو اتحادیه ممنوع و کلیه دارایی های او نیز در اروپا توقیف خواهد شد.

ابعاد بروز بحران اخیر در میان باند های متخاصم بحدی است که دیگر حتی نزدیکان رژیم نیز جرات دفاع از این دژخیم حکومتی را ندارند. برای نمونه علی مرتضوی طی سخنانی ضمن زدن لگد محکمی به ولی فقیه بعنوان حامی اصلی سعید مرتوضی از جمله گفت: وی «معترضان سال ۸۸ را محق می‌داند، اما به نظر من بیش از آنکه آقای مرتضوی به عنوان مسئول خطاهای خود مجرم است کسانی که چیزی به نام مرتضوی را ساختند و از او حمایت کردند مجرم هستند. وقتی شما به جوانی کم تجربه آن همه اختیارات بدهید که هر نشریه‌ای را که خواست تعطیل کند و هر رفتاری با متهمان داشته باشد خود به خود سرکش می‌شود و طبیعت آن است».

نایب رئیس مجلس رژیم در ادامه با بیان اینکه هر جا تمرکز قدرت بدون نظارت ایجاد شود و منتقدان سرکوب شوند فساد به وجود می آید گفت: «افرادی از آقای مرتضوی که دنبال قدرت بود به عنوان ابزار دست استفاده کردند و در پشت سر او پنهان شدند به نظر من پرونده آن‌ها هم باید مورد رسیدگی قرار گیرد».
همچنین آخوند زائری در سخنانی خواستار «اعدام مرتضوی» گردید. وی در این راستا گفت: «جرم او تنها قتل قربانیان مظلوم کهریزک و معمای پیچیده زهرا کاظمی نیست و اتهام او نیز فقط اختلاس ها و دروغ ها و پرونده های مطبوعاتی و ... نیست. بسیار نکته های وحشتناک هست که اگر روزی فضای لازم فراهم شود شاید بر زبان ها بیاید و به گوش ها برسد. اعتماد مخدوش مردم مخصوصا در وضعیت خطرناک و حساس فعلی تنها با حکم اعدام او قدری ترمیم خواهد شد».