وی بالاترین مجری کشتارهای دهه ۶۰ و اجرا کننده اصلی حکم خمینی برای نسل کشی مجاهدین و اعدام ۳۰ هزار زندانی سیاسی در سال ۶۷ بود.
موسوی اردبیلی قاضی القضات خونخوار خمینی در پانزده مرداد سال ۶۷ در بحبوحه قتل عامها در رادیوی رژیم گفت: اینها باید از دم اعدام شوند. دیگر از محاکمه و آوردن و بردن پرونده محکومین، خبری نخواهد بود.

موسوی اردبیلی ریاست شورای عالی قضایی را برعهده داشت و همراه با خامنه ای و رفسنجانی بالاترین حلقه مقامات رژیم ولایت فقیه در غصب حاکمیت مردم را تشکیل میدادند. وی در راس قضائیه خون آشام آخوندی و ماشین اعدام و شکنجه و سرکوب سیاه استبداد دینی، عامل جنایاتی نظیر اعدام زنان باردار مادران سالخورده و بسیاری از زندانیان سیاسی دوران شاه در دهه ۶۰بود.
موسوی اردبیلی در بهمن ماه سال ۱۳۵۹که رسوایی شکنجه در زندانهای خمینی بالا گرفته بود، در نمایش جمعه تهران مدعی شد: مجاهدین خودشان خودشان را شکنجه میکنند.

موسوی اردبیلی پیوسته از پیامد جنایتهای وحشیانه‌یی که او و دیگر سران حاکمیت پلید آخوندی در حق مردم ایران و فرزندان مجاهد و مبارز و آزادیخواه ایران مرتکب شده اند در وحشت بود.
وی روز ۲تیر سال ۱۳۶۸ که دو هفته از مرگ خمینی گذشته بود، در باره وضعیت سران رژیم و هراس آنها از خطر مجاهدین و ارتش آزادی، در نمایش جمعه تهران با صراحت گفت: دوستان می ترسیدند و می لرزیدند و دشمنان خیلی امیدوار بودند، جهان در چشم ما تیره و تار شده بود و همه مقامات نظام در انتظار بودند که مسئولین بزودی تکه و پاره شوند.