خامنه‌ای که از رفسنجانی به عوان حجت الاسلام و شیخ علی اکبر هاشمی نام برده، فقدان او را «سخت و جانکاه» دانست و نوشت: «با فقدان رفسنجانی اینجانب هیچ شخصیت دیگری را نمی شناسم که تجربه ای مشترک و چنین دراز مدت را با او در نشیب و فرازهای این دوران تاریخ ساز به یاد داشته باشم»
خامنه ای درپیامش درباره رابطه اش با رفسنجانی تاکید کرد: «چه دشواریها و تنگناها که در این دهها سال بر ما گذشت... اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هائی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را به کلی بگسلد و وسوسه‌ی خناسانی که در سال های اخیر با شدت و جدیت در پی بهره برداری از این تفاوت های نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد».