دکتر ملکی اولین رئیس دانشگاه تهران بعد از انقلاب ضد سلطنتی که سالها در زندانهای قرون وسطایی رژیم آخوندی به سر برده، به توصیه پزشکان باید برای معالجه به اروپا منتقل شود. اما آخوندهای حاکم به خاطر مواضع قاطع وی در قبال نظام ولایت فقیه و ایستادگی و تسلیم نشدن به رژیم، او را ممنوع الخروج کرده و در صددند او را زجرکش کنند.
مقاومت ایران عموم مراجع مدافع حقوق بشر، به ویژه کمیسر عالی و گزارشگر ویژه وضعیت حقوق بشر در ایران و همچنین اتحادیه های پزشکی در کشورهای مختلف را به محکومیت قاطع رژیم به خاطر ممنوع کردن سفر دکتر ملکی به خارج و محرومیت وی از معالجه و اقدام فوری برای رفع این ممنوعیت فرا می‌خواند.
دکتر ملکی از زندانیان سیاسی زمان شاه، در سال ۱۳۶۰ دستگیر شد و به مدت پنجسال در زندان به سر برد. وی در سالهای ۱۳۷۹ و ۱۳۸۸ نیز بار دیگر دستگیر و تحت شدیدترین فشارها قرار گرفت.
دکتر ملکی در آبان ۱۳۹۵ گفت: «خامنه ای عامل و مسئول تمام این بدبختی‌ها، این اعدامها، این کشتارهاست... به‌هیچ‌وجه هم نمی‌تواند خودش را مبرا بکند و بگوید من اطلاع نداشتم ... بارها خودش گفته که از جزییات و وقایعی که در مملکت می‌گذرد اطلاع دارم و مسلماً هم اطلاع دارد».
دکتر ملکی در اردیبهشت ۱۳۹۶در ارتباط با نمایش انتخابات ریاست جمهوری رژیم گفت: «اسم این شعبده‌بازی را گذاشتند انتخابات... (کاندیداها) چه کسانی هستند؟ یکی اش آقای رئیسی است، جلاد معروف و یکی آقای روحانی است کذاب معروف ... من در جریان قولهای روحانی هستم. چقدر به مردم دروغ می گوید؟ چقدر سر مردم را می خواهد شیره بمالد؟ ... این انتخابات نیست ... می گویند بیایید به این دو نفر ر‌أی بدهید. یکی را می گویند طرفدار خامنه ای است و یکی طرفدار خامنه ای نیست در صورتیکه هر دو طرفدار رهبری هستند چون اگر نباشند نمی توانند شرکت کنند و نمی توانند از فیلتر شورای نگهبان بگذرند».
وی در مرداد ۱۳۹۶ در اطلاعیه یی به مناسبت سالگرد قتل عام زندانیان نوشت: به «سردمداران نظام ولایی هشدار می‌دهم که دیر نخواهد بود که شما هم دچار سرنوشت همه استبدادیان خواهید شد و روزی تاوان ریختن خون بیگناهان را خواهید داد. شما هم روزی باید پاسخگوی دروغ گویی‌ها، دزدی‌ها، و جنایت‌هایتان باشید. مطمئن باشید که جنبش دادخواهی مردم ایران روزی شما را هم پای میز محاکمات عادلانه خواهد کشاند».
دبیرخانه شورای ملی مقاومت ایران
۸ آذر ۱۳۹۶ (۲۹نوامبر ۲۰۱۷)
