این اقدام جنایتکارانه با وجود اعتراضهای گسترده داخلی و بینالمللی صورت گرفت.
محمد ثلات بارها گفته بود که بیگناه است و در زیر شکنجه، او را وادار به قبول اتهاماتی کرده اند که در آن نقشی نداشته است. در یک فایل صوتی که از محمد ثلاث منتشر شده، وی میگفت: بیگناه است و بعد از «چند ساعت شکنجه» در کلانتری اعتراف اجباری کرده است.
یکی از وکلای مدافع محمد ثلاث یک روز قبل از اجرای حکم اعدام اعلام کرد «ادله غیرقابل انکاری دال بر بیگناهی» محمد ثلاث این درویش گنابادی در اختیار دارد. وی افزود: ادله غیرقابل انکاری دارم که او بیگناه است. دلیل این عجله و ظلم چیست؟».
روز گذشته و در آستانه اعدام محمد ثلاث مقاومت ایران عموم مراجع بین المللی، به ویژه ویژه شورا و کمیسر عالی حقوق بشر ملل متحد و گزارشگر ویژه وضعیت حقوق بشر در ایران و گزارشگر اعدام را به اقدام فوری برای نجات محمد یاور ثلاث از اعدام فراخوانده بود.
عفو بین الملل با انتشار بیانیه یی خواستار توقف اجرای حکم اعدام محمد ثلاث شده بود.
۹۷تن از نمایندگان پارلمان اروپا نیز خواهان لغو اعدام وی شدند.