شبی که شریعتی «بیانیه تغییر مواضع ایدئولوژیک» «فرصت طلبها» را خواند، از خشم و بی تابی لحظه یی آرام و قرار نداشت. فردای آن شب، ساواک او را دستگیر کرد. عطاپور، از بازجوهای شکنجه گر ساواک، بسیار، کوشید تا او را مانند سرکردگان جریان «راست ارتجاعی»، به موضع ضدّمجاهدی ـ ضدّمارکسیستی بکشاند، امّا، تلاشش بیهوده بود و شریعتی داغ غلتیدن بهدامن «ارتجاع» را بر دل دشمنان آزادی ایران نهاد و بر مواضع پیشینش در دفاع از سازمان مجاهدین خلق ایران استوارماند.
بعدها، سازمان مجاهدین خلق ایران در اطلاعیه یی در ۲۷خرداد ۱۳۵۹، «یکی از برجسته ترین فرازهای زندگی» شریعتی را «نحوه برخورد او با ضربه اُپورتونیستهای چپ نما به سازمان مجاهدین خلق در سال ۵۴» شمرده و نوشت: «... برخلاف بسیاری از عافیت جویانی، که کار فرهنگی را به مثابه گریزگاهی از مبارزه انقلابی برگزیده بودند، همواره از جنبش انقلابی مسلّحانه و سازمان مجاهدین حمایت کرد، گاه به صراحت و جسارت، و گاه با اشاره و رمز، بنیانگذاران سازمان ما و جنبش مسلّحانه را ستود و پیوستن بدانها و حمایت از راهشان را تبلیغ میکرد... بسیاری از اعضا و وابستگان به سازمان کسانی بودند که از اندیشه های استاد بهره گرفته بودند و با الهام از آموزشهای او راهشان در نهایت به میدان پیکار انقلابی و قهرآمیز با رژیم وابسته شاه ختم شده بود... استاد شریعتی به لحاظ موقعیتی که در میان روشنفکران مبارز مسلمان داشت، در معرض شدیدترین فشارها و توطئه های ساواک قرارگرفت و حتّی، به زندان افکنده شد. جلّادان شاه بسیار کوشیدند تا او را به اتّخاذ مواضعی علیه جنبش مسلّحانه و مجاهدین وادار سازند... امّا، او توانست علی رغم همه فشارها و توطئه ها، بر این شرایط سخت غلبه کند و سربلند بیرون آید» (نشریه «محراب»، شماره اول، ص۸۷).
شریعتی معتقد بود که «خیانت آن توطئه گران»، نه تنها «تکوین انقلابی ایدئولوژی اسلامی را، که با سرعت انجام می یافت، ضربه یی شکننده زد و کند کرد»، بلکه، «این زیانی بود که ملت ما کرد و جبران آن ساده نیست» («با مخاطبهای آشنا»، ص۱۱۶).
او همچنین، این «خیانت و نامردمی» را «انتقام کشیهای کثیف، سَبُعانه، زرنگیهای طَرّارانه و رذیلانه ترین فرصتطلبیها... و حتی هَتک و قتل» برای ازمیان بردن اسلام نامید، «آن هم نه اسلام ارتجاعی، سنّتی و یا بیطرف؛ اسلامی که به میدان آمده، سلاح برداشته و هولناکترین لحظات تاریخیش را در پیکار با امپریالیسم و سرمایه داری جهانی می گذراند و جز رهایی از استعمار و جز شوراندن توده های محروم به طبقه انگل استثمارگر شعاری ندارد... آنها نه تنها از اسارت و جراحت ما سوء استفاده میکنند بلکه به نام وارث مهاجران و مجاهدان نخستین اسلام معاصر، از غیبت عزیزترین شهیدان، برای پرکردن رندانه و غاصبانه خلأ وجود و حضور آنان بهره میجویند و به جای تجلیل از اسلام و از میراث شهدای اسلام، به تحریف و توهین و تحقیر آنان و راه آنان همت میگمارند و تمامی اتّهامات دشمن را علیه آنان تثبیت میکنند!» («با مخاطبهای آشنا»، ص۲۱۲).

«عزیزترین چهره اسلام عصر ما»
اندوهی که این توطئه رذیلانه بر جان او ریخت، او را تا پایان عمر رها نکرد. نامه یی که در آخرین ماههای حیاتش، در فروردین ۱۳۵۶، به چندتن از گردانندگان پیشین "حسینیه ارشاد" نوشت، نشان میدهد که این زخم، همچنان خونچکان، باقی مانده است:
 «... امّا، این دو سال اخیر؟ اگر خدا گریبان ما را بگیرد که "در این دو سال چه کردید؟"... چه جوابی داریم؟ آن هم این دو سالی که خطرناکترین توطئه ها در نابودی و مسخ و هَتک و مرگ اسلام انجام شد؛ آن هم نه اسلام به معنی مطلق و مبهم و کلّی و بی شکل آن؛ نه اسلام عوام و اسلام روحانیت، بلکه، عزیزترین چهره اسلام عصر ما؛ همان بعثت جدید؛ همان رنسانس توحید و رسالت و قرآن و علی؛ همان ایمان جوشان و جوان زنده و مشتعلی که در عمق عقل و نگاه و در وجدان جوان تحصیلکرده و روشنفکر برافروخته شده است؛ ...توطئه شومی که در آن همه نیروها؛ نیروهای نامتجانس و حتّی، متضاد و متخاصم، همدست و همداستان شده اند: استعمار، استبداد، ارتجاع ...
 دربرابر این همه بمبارانهایی که از چپ و راست و بالا و پایین و حتی از درون و از خودی و از درون سنگرهای دوست و صفهای خویشاوند درگرفته است و این نسل را در وسط راه هجرتش، از همه سو، درمیان گرفته و هیچ پناهی و پایگاهی ندارد، جز همان سلاحهای ناقص و کهنه و مُستَعمَل؛ همان چند جزوه و چند نوار، برای مقابله و مقاومت و حتّی، زنده ماندن چه غذا و سلاحی دارد؟ آنهایی که چشم امیدمان به دستهایشان بود تا برای این مجاهدین محصور در خندق (=در جنگ خندق یا "اَحزاب" همه دشمنان، در صف واحد، به حضرت محمّد و مجاهدانش در مدینه یورش برده بودند. در اینجا خندق، اشاره به پناهگاهها و اسارتگاههای مجاهدین است)، قُوت و غذایی بسازند و سپر و شمشیری بتراشند و فراهم سازند و به این مدینه فقیر و اسیر برسانند، اکنون یا مثل خواجه رَبیع که گفت: "نمیدانم حق با علی است یا دشمنان علی؟" و رفت برای خودش قبر کند و در آن به ذکر و ورد پرداخت... در گور انزوا و ضعف و ذلّت و تردیدشان پنهان شده و خود را عمداً زنده به گور کرده اند... و جان و مال و ناموس و آبرو و دنیا و آخرتشان را حفظ نموده اند!... عده دیگر هم دارند برای لشکر "اَحزاب" در این جنگ خندق کار میکنند... همه در یک صف واحد ایستاده اند و مدینه را به یک تیر میزنند.
هر روز عزیزی به تیری در خاک می غلتد و سرو بلند و سرسبزی به ضرب تیری می شکند و قامت ایمان و بنای امیدی فرومیریزد و جوانمردی سراپا افتخار، که پا تا سر حماسه بود و آیت اسلام مجسّم و شهیدی که زیبایی روح و تقوای وجود و سرمایه دل و تابش اندیشه و حکمت رفتار و طهارت زندگی و ... کولهبار غنی تجربه جهاد و گنجینه تحقیق و اجتهاد و کیمیاگری نگاه و شعله وری ایمان و خودجوشی عشق و مَلکات ارزشهای خدایی اش، همه، اسلام و توحید و تشیع را گواهی میداد، از دست ما میرود... ما چه کنیم؟ چه میتوانستیم بکنیم؟ و چه کرده ایم؟ و اساساً، در اندیشه چه کاری هستیم؟...
امّا، شرم از زنده ماندن و ننگ نفسکشیدن ـ که تنها نشانه های زندگی من استـ دارد مرا خفه میکند و لحظه یی نمی توانم از برابر ضربات مستمرّ این سؤال که "در این دو سال چه کرده ای؟ چه کاری میتوانی کرد؟ چرا به این مدینه گرسنه محاصره شده یی که در تهدید نابودی است، خوراک و سلاحی نمی رسانی؟“ خود را درببرم.
 بیشک، در چنین لحظات جانکاهی که در زیر باران سرزنش، همچون مرغ سرکنده از درد به خود می پیچم، اولین کسانی که پس از خودم برایم تداعی می شوند و این پرسشها و سرزنشها را با آنان در ذهن خویش مطرح میکنم، همفکران و همدردان و همگامان همیشه من اند... در چنین وضعی و با این رویدادهای جگرسوز و هول آور و این همه درد و داغهای هرروزه و این همه توطئه های ریشه برانداز و این همه تیربارانها که مدینه را آماج گرفته و در هر دم، نیش پیکانی در سینه و مغز استخوان من مینشیند و این همدستی و همداستانی قاسطین (خودکامگان و زورمندان) و مارقین (مرتجعان و تاریکاندیشان) و ناکثین (پیمانشکنان) بی شرم و این حزب واحد غیررسمی فراگیرنده ملّا و مارکسیست و سرمایه داری و کفر و مذهب و ارتجاع و انقلاب و پسرو و پیشرو و زرد و سرخ و سیاه و سبز! که کمر به قتل این ایمان و این اسلام بسته اند و "دارند حسین را دوباره میکشند"! و ابوذر را به رَبَذه تبعید میکنند و قرآن را دوباره به سر قبرستانها بازمیگردانند و علی را دوباره به تیغ تعصّب سر میشکافند تا جنازه بیجانش را به تکیه ها و خانقاهها و سفره ها و قهوه خانه ها و پای دیگ جوش "فقر"! و منقل "اشرافیت" رجعت دهند و خداپرستی را از دانشگاهها بیرون اندازند و به زیر سقفهای نمور و تاریک و خفقان آور و کثیف بازارها و پسکوچه های بن بست و دوره های زنانه ببرند و لبهای تشنه نسل جوان را از پستانهای پرشیر فرهنگ توحید و شهادت، ناکام و خشک و تافته بازگیرند و در برهوت کویرهای پوچی و لااُبالیگری و شک و سیاه اندیشی... رهاکنند و ایمان و گنجینه حیات بخش و حرکت آفرین اسلام را ... از صحنه زمان و زندگی و قلب جامعه و کانون آفرینندگی و زایندگی و حیات و حرکت و رهبری و پیشروی دور می سازند... خونهامان را پامال، رنجهامان را برباد، امیدمان را بر آب و ایمانمان را ریشه کن میسازند... در چنین شرایطی و دربرابر این توطئهها و این همه ازدستدادنها و این که می بینم همه کمر به قتل ما و تمامی ایمان و امید و عشق و روح ما بسته اند و هرچه، از دست میرود و هرکه، بر خاک میافتد و ربوده میشود، از ماست و میبینم که حلقومها از عطش بازمانده اند و همه سرچشمه ها را کور کرده اند و همه جریانها را خشکانده اند و همه کوزه ها را شکسته اند... من در گذار و احتضار از ناتوانی و تنهایی ام، روزها و شبها را به سرمی برم و این احتمال که شاید کاری باشد که من و ما بتوانیم کرد و نمیکنیم، رنجم میدهد و در هر سؤالی و یا هر سرزنشی چهره یاران صدیق و نزدیکترین همدردان و همراهان، پیش نظرم میآید...» (نامه ها، چاپ اروپا، ص۱۷۷).