آخوند صادق لاریجانی در پاسخ خود، شیخ محمد یزدی که هنگام بالا گرفتن قیامهای سال۸۸ تیغ کش اصلی خامنه ای علیه رفسنجانی بود را به شدت مورد حمله قرار داد و به عنوان یک آخوند بی سواد و هتاک سکه یک پول کرد.
آخوند صادق لاریجانی در نامه به آخوند محمد یزدی با اشاره ضمنی به جنگ جانشینی ولایت بحران زده خامنه ای که هدفش میدان بدر کردن رقبای آخوند جلاد ابراهیم رئیسی است، نوشت: چندی است که نمایشی در کشور بر اساس سناریوهای از پیش طراحی شده، علیه اینجانب براه افتاده و احساس می کنم بازیهای صدا و سیما و برخی نهاد های دیگر به نقطه ای رسیده است که سکوت در مقابل آن جایز نیست.

رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام آخوندی، خطاب به ‌آخوند یزدی می افزاید: متاسفانه اخیراً جنابعالی مطالبی مطرح کرده اید که علاوه بر خلاف واقع بودن و موهن بودن، ریشه در همان امور دارد. چرا به این وضعیت افتاده اید؟ گفته اید: «فلانی می گوید اگر این کار را نکنید نجف می روم! خوب بروید. آیا با رفتن شما قم به هم می خورد؟... اما شما در عرصه تحقیق و پژوهش های علمی چه کرده اید؟ آیا جز با صدای بلند و داد و قال، به مسئولین و بزرگان توهین کردن و افترا زدن و تحقیر کردن، کار دیگری هم کرده اید؟. 
کافی است کسی نیم نگاهی به مکتوبات شما ذیل ”کتاب القضاء”، بیندازد تا میزان اثر شما در حوزه و حد تحصیلات و استفراغ وسعتان در باب استنباط احکام معلوم شود. متاسفانه حتی توجه نکرده اید که ”کتاب القضاء” (برخلاف جلد اول عروه) کتاب استدلالی است، چقدر آنرا تخریب کرده اید. ایکاش شما صرفاً آنرا ترجمه می کردید که اقلاً خواننده بداند با سخنان چه کسی روبروست».

آخوند لاریجانی در ادامه خطاب به شیخ محمد یزدی اضافه می کند: در شورای نگهبان، سخنان غیر دقیق، غیر مستدل و حتی نامربوط شما برای اعضاء روشن است. اگر سکوت می کنند و چیزی نمی گویند، حرمت پیرمردی شما را پاس می دارند.
همه این فضا سازی ها نشان از آن دارد که یک پروژه بزرگتری در پس این القائات نهفته است و آن تخریب اینجانب و شاید هم تخریب های دیگر. مساله همین است...
آخوند صادق لاریجانی در بخش دیگری از نامه اش می‌نویسد: گفته اید ”به اسم مدرسه علمیه، کاخ ساخته اند”... اگر مقصودتان ظاهر آن است، همین ساختمان هایی که شما از آن استفاده می کردید هم همینطور بود: ساختمان مرکز تحقیقات دبیرخانه خبرگان که با لطایف الحیل از دست مسئولین آن وقت درآوردید، و به عنوان نائب رئیس مجلس خبرگان محل کار خود قرار دادید، در همین قد و قواره و وزن بود، نفرمودید کاخ ساخته اند، بلکه با اشتیاق تمام به آن ساختمان نقل مکان فرمودید.

رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام آخوندی هم چنین به حرفهای یزدی در باره اعلام مرجعیت ازسوی برخی درحوزه‌ها، اشاره کرده و اضافه می کند: آقای یزدی، مشکل اصلی جنابعالی این است که فکر می کنید قیم حوزه های علمیه هستید و می خواهید به همه امر و نهی کنید. متاسفانه شما خودتان را در جایگاهی می بینید که نه تنها مرجع تعیین کنید، بلکه به مراجعی که شاید شاگرد آنها هم محسوب نمی شوید، امرو نهی کنید.

رسانه‌های رژیم درباره جنگ و بحران در رأس نظام نوشتند: شاید سپهر سیاست در نظام آبستن حوادث بزرگتری از تخلفات اطرافیان رئیس سابق قوه قضائیه باشد (از جمله) همزمان با حضور صادق لاریجانی در مجمع تشخیص مصلحت، شایعه عزل محسن رضایی نیز شنیده شد.
بر اساس گزارشهای منتشر شده در رسانه‌های حکومتی، جواد لاریجانی از دستگاه قضائیه استعفا کرده و فاضل لاریجانی از ایران خارج شده و قصد بازگشت ندارد. هم‌چنین یک جریان وابسته به خامنه‌ای در دانشگاهها موسوم به جنبش عدالتخواه، همزمان با انتقاد از صادق لاریجانی، نقد‌های ریزی را به پاسدار قاسم سلیمانی مطرح کرده است.

رسانه حکومتی رویداد ۲۴ نوشت: اسفند سال قبل که کار احداث مدرسه علمیه (صادق لاریجانی) به مراحل پایانی رسیده بود، اعتراضاتی نسبت به تخلفات ساختمانی آن مطرح شده بود که شهردار وقت قم به شدت از این پروژه حمایت کرده و گفته بود «پروانه ساختمان این مدرسه سال ۹۲ صادر شده و ظاهرا الان به بهره برداری رسیده است.
این رسانه‌ حکومتی می‌افزاید: انتقادها از صادق لاریجانی به موضوع کاخ حوزه علمیه و بازداشت نزدیکان او ختم نشد. در یکی از جلسات رسیدگی به پرونده تخلفات بانک سرمایه، نامی مطرح می‌شود تحت عنوان عبدالله رنجبر. طبق شواهد، وی وامی به ارزش ۸۰ میلیارد تومان از بانک دریافت می‌کند، اما اقساط بازپرداخت را نمی‌پردازد.

آخوند زائری گفت: یزدی تهدید کرده که در صورت اعلام مرجعیت علوی بروجردی، به میدان خواهد آمد و بساط را به هم خواهند ریخت و تابلوی دفتر ایشان را پایین خواهد آورد! تا کنون فکر می‌کردیم آقایان از جامعه بی خبرند و میزان محبوبیت و جایگاه اجتماعی خود در افکار عمومی را اطلاعی ندارند، اما الآن معلوم شده که اصلا از تاریخ روحانیت و حوزه‌های علمیه نیز آگاه نیستند!

آخوند فاضل میبدی، عضو مدرسین حوزه قم گفت: در چند سال اخیر هزینه‌هایی که صرف نهادهای مذهبی می‌شود به حد افراط رسیده است. برخی از مدارس علمیه مجلل مسجد یا حسنیه کم‌نظیر است، هزینه آنها از کجا آمده من مطلع نیستم. مدارس علمیه در استانها به نحو بدی مجلل شده و از چشم مردم، نظر منفی به آنها وجود دارد.
وی هم‌چنین درباره ساخت قبر فرعونی خمینی ملعون گفت: اولین جایی که ساختمان مجلل ساخته شد، قبر خمینی بود... و ایکاش این هزینه‌های سرسام‌آور سر قبر او انجام نمی‌شد.این در حالیست که در بسیاری از نقاط کشور نیازهای اولیه مدارس ابتدایی تأمین نشده است. لوازم گرمایی و سرمایی ندارند. کمبود مدرسه وجود دارد.

روزنامه حکومتی جمهوری اسلامی نیز نوشت: اینکه هر حرفی زده شود و هیچ خط قرمزی رعایت نگردد، نشان از هرج و مرج سیاسی و عدم هماهنگی و مدیریت یکپارچه در کشور دارد و باید هرچه زودتر متوقف گردد. نکته بسیار مهم اینست که دعوای این حضرات بر سر این مسائل غیر از فاصله ایجاد کردن میان مردم و روحانیت نتیجه دیگری ندارد. این حضرات لطفاً اختلافات صنفی را به جامعه نکشانند.

رسانه‌های حکومتی درباره پیامدهای کشمکش در رأس رژیم میان آخوند محمد یزدی و صادق لاریجانی نوشتند:
با اظهارات یزدی (علیه صادق لاریجانی) جلسات شورای نگهبان بیش از قبل دیدن دارد. وقتی دو عضو رکنی مهم در ساختار سیاسی نظام که قرار است پاسدار قانون اساسی باشد تا این حد دچار تنش هستند چگونه قرار است با یکدیگر دور یک میز بنشینند؟