رسانه های تبلیغی رژیم این ترور را به سازمانهای مخالف و در آخر به آمریکا و اسرائیل نسبت دادند. سازمان مجاهدین خلق طی اطلاعیه ای نسبت دادن این قتل به این سازمان را «کذب محض» خوانده و اعلام کرد که این ترور هیچ ارتباطی با سازمان مجاهدین خلق ایران ندارد.
در پی متهم شدن آمریکا و اسرائیل به این قتل، وزارت خارجه آمریکا، ادعای جمهوری اسلامی در این مورد را «مضحک و بی معنی» اعلام کرد.
این استاد دانشگاه از امضا کنندگان حمایت از کاندیداتوری میرحسین موسوی در مقابل احمدی نژاد بود و از استادانی بوده که حمله اراذل و اوباش بسیجی به کوی دانشگاه را محکوم کرده بود.
ترور این متخصص اتمی با توجه به تبلیغات مسخره رژیم، این احتمال که رژیم با شیوه تولید بحران به تشدید جو سرکوب و خفقان بپردازد را تقویت می کند. از طرف دیگر تروز بعضی از طرفداران جناح مقابل احمدی نژاد سبب بالا رفتن هزینه برای این گروه از نخبگان مخالف باند امنیتی نظامی حاکم می شود.
دانشجویان دانشگاه فیزیک تهران در مورد ترور دکتر مسعود علی محمدی بیانیه ای منتشر کردند که طی آن نسبت به دروغ سازی در ترور این استاد هشدار داده اند.
شاگردان دکتر مسعود علی‌محمدی در بیانیه خود می نویسند:«جای تاسف است در زمانی که دوستان و شاگردان دکتر علی‌محمدی در شوک خبر ترور ایشان به سر می‌برند، خبرگزاری‌های وابسته به جناح‌های مختلف، شروع به شایعه‌پراکنی در رابطه با ابعاد ترور ایشان کردند.»
در پایان بیانیه دانشجویان آمده است که:«آن‌چه مسلم است نظرات و دیدگاههای سیاسی ایشان شفاف و واضح است و سخنرانیهای ایشان در وقایع پس از انتخابات، تاییدی بر این امر است.»
بدین ترتیب تاکتیک تبلیغاتی دستگاه دروغگوی ولی فقیه در همان ساعات اولیه پس از ترور شکست خورد و اکنون این عوامل خامنه ای هستند که بر صندلی اتهام نشسته اند.
