نزدیک به یک ماه پس از شروع کارزار دادخواهی قتل عام ۳۰ هزار زندانی سیاسی و دو هفته پس از انتشار نوار صوتی ملاقات آقای منتظری با کمیته مرگ، رفسنجانی و خامنه ای ناگزیر سکوت خود را شکستند و وحشت خود را از بالا گرفتن انزجار و محکومیت داخلی و بین المللی این جنایت ابراز کردند. آنها به صراحت از بی آبرو شدن خمینی در درون رژیم و حمایت داخلی و بین المللی از سازمان مجاهدین ابراز نگرانی می کنند. امری که تمامیت نظام ولایت فقیه را با چالش روبروکرده است.
روز شنبه ۶ شهریور، هاشمی رفسنجانی، رییس مجمع تشخیص مصلحت رژیم در جلسه این مجمع «از موج جدید ایجاد شده برای حمله به خمینی» به شدت ابراز تاسف کرد و گفت: «تقریباً در همه رسانه‌های معاند خارجی این موج ادامه دارد، تا جایی که اخیراً شهردار پاریس نمایشگاهی از بازسازی صحنه‌های اعدام آن زمان برگزار کرده است.... حمایت از سازمان مجاهدین در این مقطع، جای تعجب و تأمل دارد». وی افزود «هدف اصلی دشمنان جهانی و داخلی انتقام از نقش و جایگاه بی‌نظیر امام در تاریخ معاصر ایران و جهان» است و گفت: «باید هوشیار عمل کنیم و راه امام را به گونه‌یی تشریح کنیم که بدخواهان نتوانند سوءاستفاده کنند».
پیش از آن در ۳ شهریور، خامنه ای در ملاقات با مقامات رژیم با اشاره به نوار آقای منتظری از «تلاش برای تطهیر مجاهدین» قویا ابراز نگرانی کرد و گفت “متأسفانه برخی تلاش دارند تا برای گفت این جنایتکاران فضای مظلومیت ایجاد و چهره نورانی امام راحل را خدشه دار کنند».
مجید انصاری، معاون حقوقی روحانی و عضو مجمع تشخیص مصلحت در جلسه این مجمع گفت: علاوه بر تخریب چهره خمینی «توطئه یی پیچیده در سطح بین المللی در شرف وقوع است که سازمان مجاهدین را به عنوان سازمانی مشروع و مدنی معرفی کنند».
در یک تحول دیگر، مهدی خزعلی، که در دوران ریاست جمهوری خامنه ای و رفسنجانی در دفتر ریاست جمهوری بوده است در یک سخنرانی تلویزیونی در روز ۵ شهریور (۲۶ اوت) ضمن توصیف بسیاری از صحنه های قتل عام ۱۳۶۷ در اوین، اطلاعات جدیدی از ابعاد این جنایت را برملا نمود. وی گفت «بزرگترین و پرجمعیت ترین گروه مقابل نظام سازمان مجاهدین خلق بود ... این را فقط می شد با اتوریته امام از بین برد در واقع اینها می خواستند تا امام هست ریشه را بزنند، می گفتند هر کسی را که آزاد کنی ممکن است مرتد شود و ما گرفتار جمعیت زیادی بشویم اینها رو اعدام می کنیم و این اعدام باعث می شود رعبی که در خانواده ها ایجاد می شود کس دیگری مرتد نشود».
وی افزود: «به روایت معاونت وزارت اطلاعات قریب ۲۰هزار نفر در تهران و استانها (اعدام شدند) یعنی چهار هزار نفر (که آقای منتظری گفته است) مال تهران هست و به روایت کسی مثل آقای ملکی قریب ۳۳ هزار نفر ظرف یکماه و چند روز سی و چند روز به دار آویخته شدند».

دبیرخانه شورای ملی مقاومت ایران
۶ شهریور ۱۳۹۵ (۲۷ اوت ۲۰۱۶)