موسوی اردبیلی دومین رئیس قوه قضائیه خمینی که به منظور پادرمیانی برای «حل بحران بعد از انتخابات» به دیدار خامنه ای رفته بود, از وی دو درخواست نموده است: «آزادی بی قید و شرط زندانیان و طرد افراطیها»

 به نوشته سایت جرس (طرفدار موسوی), موسوی اردبیلی در این دیدار خامنه ای را نصیحت کرد و گفت: «من سران معترضین شما را در تهران و قم می شناسم و شهادت می دهم قصدشان اصلاح امور کشور بر اساس قانون اساسی است و هیچیک قصد سرنگونی شما را نداشته و ندارند. نگرانی شما از این بابت بجا نیست».

به نوشته جرس خامنه ای از پذیرش درخواستهای موسوی امتناع کرده و گفته است: «مجرم را چگونه آزاد کنیم؟»
جرس افزود: «لازم به ذکر است در خبر قبلی جرس تقاضای آزادی دکتر سید علیرضا بهشتی پسر شهید آیت الله بهشتی نخستین رئیس قوه قضائیه جمهوری اسلامی به عنوان یکی از مصادیق آزادی زندانیان سیاسی ذکر شده بود که البته آن مورد نیز مورد قبول مقام رهبری واقع نشد».
لازم به یادآوری است که درزمان تصدی قوه قضائیه توسط موسوی اردبیلی, در دهه 60, اعدام زندانیان مجاهد و مبارز در دسته های صد نفره انجام می شد و قتل عام زندانیان سیاسی نیز در زمان ریاست نامبرده بر قوه قضائیه صورت گرفت.