سایت حکومتی جهان نیوز روز 18خرداد1390 نوشت: «روز گذشته خبری منتشر شد که از موافقت رسمی مدیر حوزه‌های علمیه کشور با استعفای معاون آموزش حوزه حکایت می‌کرد.
بر پایه این خبر، آیت‌الله مرتضی مقتدایی در نامه‌ای رسمی به حجت‌الاسلام علی عباسی معاون آموزش حوزه‌های علمیه با استعفای وی موافقت کرده است.
مدیر حوزه‌های علمیه در نامه خود آورده است که ”با توجه به گزارشی که خدمت حضرات آقایان مراجع دامت برکاتهم داده شده راجع به ادامه طرح استاد محوری و دغدغه بالای آقایان که تقریباً به یک بحران تبدیل شده و توصیه موکد مقام معظم رهبری دامت برکاته که در امری که موجب چالش با حضرات آقایان مراجع می‌شود، وارد نشوید، بنده پیشنهاد خدمت حضرتعالی دادم که عذرخواهی مکتوب صورت گیرد و جنابعالی فرمودید به هیچ‌وجه راضی به عذرخواهی نیستم و استعفا را می‌پذیرم. لذا با عدم رضایت قلبی برای حل بحران و جلوگیری از تبعات آن ناچار به قبول استعفای حضرتعالی هستم“.
به‌دنبال انتشار این نامه، حجت‌الاسلام علی عباسی اعلام کرد که ”بنده استعفایی نداده‌ام که پذیرفته شود“».
بنا به این گزارش «معاون آموزش‌حوزه‌های علمیه از ”فشارهای موجود“ برای برکناری خود نامی نبرده است اما برخی اشاره او را به مجمعی با عنوان ”محققین و مدرسین حوزه علمیه قم“ ارجاع می‌دهند.
این مجمع که در چند مدرسه قم پایگاه دارد خود را نقطه مقابل عالی ترین تشکل روحانی کشور (جامعه مدرسین حوزه علیمه قم) تعریف کرده و مدعی است که بیشترین اساتید مدارس را در اختیار دارد ... ».
جهان نیوز آنگاه ربط این درگیریها را با جریان «فتنه» رمزگشایی نموده و می نویسد: «مجمع محققین و مدرسین حوزه علمیه قم هم‌زمان با فعالیت و ادعای داشتن نفوذ در حوزه علمیه، از حامیان جدی جریان فتنه به‌شمار می‌رود و حتی هم‌اکنون در حمایت از فعالان فتنه بیانیه صادر می‌کند».
جهان نیوز در ادامه به تجمع برخی آخوندها در دفتر مدیر حوزه ها اشاره کرده و می نویسد: «در نتیجه برکناری معاون آموزش حوزه‌های علمیه امروز تجمع اعتراض آمیزی توسط مدیران، اساتید و فضلای حوزه در دفتر مدیر حوزه‌های علمیه برگزار شد.
به گزارش جهان، در این تجمع که 100تن از مدیران، اساتید حوزه، فضلاء و نمایندگان مجمع طلاب در آن حضور داشتند، شرکت‌کنندگان ضمن اعتراض به برکناری حجه‌الاسلام والمسلمین علی عباسی معاون انقلابی و تحول گرای آموزش حوزه‌های علمیه، خواستار لغو سریع حکم برکناری وی شدند».
