خمینی در یک سالی که در ترکیه بود, هیچ پیام و اعلامیهیی علیه رژیم شاه صادر نکرد. این حال در نجف نیز تکرار شد. حتّی, در نامهیی که به تاریخ 27فروردین 1346, همزمان با جشن تاجگذاری شاه, به هویدا, نخست وزیر وقت, میفرستد, نخست, بدون اشاره مستقیم به این جشن, مینویسد: «... جشنهای غیرملی که به نفع شخصی در هر سال, چندین بار, تشکیل میشود و در هر فرصت مصیبتهای جانگذاز برای اسلام و مسلمین و ملت فقیر و پای برهنه ایران به بار میآورد», سپس, چنین شکوه میکند: «آیا علمای اسلام که حافظ استقلال و تمامیّت کشورهای اسلامی هستند, گناهی جز نصیحت دارند؟ آیا حوزه های علمی غیر از خدمت به اسلام و مسلمین و کشورهای اسلامی نگاهی دارند؟» (صحیفة نور, جلد اول, ص136).
    خمینی, در پی برافکندن بنای بیداد رژیم خودکامة شاه نبود, در پی سهمی در همان رژیم بود. این را, بارها, به زبان آورده بود, ازجمله, در سخنرانیش در روز 18شهریور 1343, که گفته بود: «... باید یک وزارت فرهنگی, یک فرهنگ صحیح باشد و فرهنگ هم حقّش است دست ما باشد. خوب ما در این مملکت یک وزارتخانه نداشته باشیم؟ همه وزرا از آمریکاست, خوب, یکی هم از ما. خوب, بدهید این فرهنگ را دست ما. خودمان اداره می کنیم. ما خودمان یک کسی را وزیر فرهنگ می کنیم و اداره می کنیم. اگر از شما بهتر اداره نکنیم, بعد از 10ـ15سال ما را بیرون کنید. تا یک مدتی دست ما بدهید. وزیر فرهنگ را از ما قرار دهید... وزارت اوقاف می خواهید درست کنید. باید وزارت اوقاف از ما باشد نه این که شما تعیین کنید...» («صحیفة نور», جلد اول, ص98).
    هم از این رو بود که خمینی که تا بهمن 1349, در لاک انزوایش خفته بود و  به حاشیهنویسی کتابهای «علما»ی پیشین مشغول بود (مثلاً, کتاب «تحریر الوسیله» را که حاشیهیی است بر رسالة «وسیله النّجات» مرجع معروف, سیدابوالحسن اصفهانی, در همین سالهای تبعید فراهم آورد), وقتی در 19بهمن 1349 «رستاخیز سیاهکل» رخ داد, به خروش آمد, چرا که وجود مبارزة مسلّحانه را تهدیدی برای ازمیان رفتن پایگاه تفکّر آخوندی و هم تهدیدی برای درهم شکستن رژیم خودکامه یی میدید, که او هرگز اندیشهٌ «براندازی» آن را به ذهنش هم رخنه نداده بود. آخوند حمید روحانی که در نجف با او بود, در بارة واکنش خشم آلود خمینی میگوید: «در سال 1349 گروهک مارکسیستی و کمونیستی سیاهکل حرکتی کرد که اثر عمیقی بر ملت ایران گذاشت. مردم که از فشار ظلم بیحدّ رژیم جانشان به لب رسیده بود, از این حرکت به وجدآمدند و امیدوار شدند. خطر این بود که نهضت از مسیر راستین خود منحرف شود. در اینجا  بود که امام ضربة قاطع خود را وارد کردند و طی نامهیی به اتّحادیة دانشجویان مسلمان خارج کشور نوشتند: ” از حادثه آفرینی استعمار در کشورهای اسلامی, نظیر حادثة سیاهکل... فریب نخورید و اغفال نشوید» (پابه پای آفتاب, جلد 3, ص163).
    خمینی که دربرابر خیزش فداییان این چنین, بی محابا, به میدان آمد و آن را «حادثه آفرینی استعمار» نامید, دربرابر خیزش سازمان مجاهدین, با وجودی که رشد آنان را تهدید جدّیتری برای کاهش رونق بازار دستگاه آخوندی میدید, جراٌت نکرد, سخنی به انکار بگوید. امّا, کلامی هم در تاٌیید آنها نگفت. همان آخوند روحانی دراین باره میگوید: «... در آن روزها به حدی جوّ به نفع این گروه (سازمان مجاهدین) بود که میتوان گفت که  کوچکترین انتقادی نسبت به این گروهک با شدیدترین ضربهها روبهرو میشد. بسیاری از افراد را میشناسم که بر این اعتقاد بودند که دیگر نقش امام در مبارزه و در نهضت به پایان رسیده است و امام با عدم تاٌیید مجاهدین درواقع شکست خود را امضا کرده است. این افراد باور داشتند که امام از صحنة مبارزه کنار رفتهاند و زمان آن رسیده است که سازمان مجاهدین خلق نهضت را  هدایت کند و انقلاب را به پیش ببرد. واقعاً هم این گروه درمیان مردم پایگاهی بهدست آورده بود. امام هم این را میدانستند. هر روز از ایران نامه میرسید مبنی بر این که ”پرستیژ شما پایین آمده. دربین مردم نقش شما در شُرُف فراموش شدن است. مجاهدین خلق دارند جای شما را میگیرند...» (پابه پای آفتاب, جلد3, ص163).
   «در شرایطی که همة شخصیتها و بسیاری از بزرگان, هرکدام به نوعی, از پیشگامان مبارزهیی جدید در ایران حمایت و جانبداری میکردند, حضرت امام تشخیص داده بودند که نباید از این مبارزان حمایت کرد تا مبادا, شیفته وار, بهاصطلاح خودمان, به دامشان افتاد. این جریان در سالهای پیدایش جنبش مسلّحانه و اوج و شکوفایی فعالیّتهای منافقین بود. این عدّه از طرف شخصیتهای بزرگی در مجامع روحانی و سیاسی ـ مذهبی ایران, که در راٌس آنها آیت الله طالقانی قرار داشتند, حمایت میشدند. این بزرگان, مرحوم آیت الله طالقانی, آیت الله منتظری و حتّی, مرحوم مطهّری, با تعابیر عجیبی, به امام پیغام میدادند و خواهش میکردند که از این حرکتها و این مبارزان حمایت شود. امّا, امام, همچنان, به نحو چشمگیری به اصول فکری و اعتقادی خود پایبند بودند» (پابه پای آفتاب, جلد2, ص34).
   پس از ضربة خیانتبار سال 1354, که موجودیت سازمان مجاهدین را بهکلّی از میان برد, خمینی نیز, گستاخ شد و در لفافه به مجاهدین تاخت. وی در مهرماه سال 1356, طی سخنانی در میان شماری از طلّاب نجف, نسبت به «نفوذ افکار التقاطی و برداشتهای غلط از احکام سیاسی ـ عبادی» قرآن و «رواج تفسیرهای التقاطی از اسلام» هشدار داد و گفت: «... حالا یک دستهیی پیداشده که اصل تمام احکام اسلام را میگویند برای این است که یک عدالت اجتماعی پیدا بشود, طبقات ازبین برود. اصلاً, اسلام دیگر چیزی ندارد. توحیدش هم عبارت از توحید در این است که ملتها همه بهطورعدالت و بهطورتساوی, باهم زندگی بکنند, یعنی, زندگی حیوانی, علی السّواء یک علفی بخورند و علی السّواء با هم زندگی کنند و بههم کار نداشته باشند, همه از یک آخوری بخورند...» خمینی در ادامه گفت: «می گویند, اصلاً مطلبی نیست, اسلام آمده است که آدم بسازد, یعنی, یک آدمی که طبقه نداشته باشد دیگر؛ همین را بسازد؛ یعنی, حیوان بسازد. اسلام آمده است که انسان بسازد, امّا, انسان بیطبقه» (کوثر, جلد اول, ص287).
   خمینی که این چنین به آرمان مجاهدین برای دستیابی به عدالت و برابری اجتماعی, «جامعه بی طبقة توحیدی» و ازمیان بردن بهرهکشی انسان از انسان میتازد, در نجف نیز مانند ترکیه, حتی یک بار دربرابر خودکامگیهای لجامگسیختة شاه و ساواک اهریمنیش, سخنی, به آشکار,  نگفت و  اعلامیهیی صادر نکرد و همچنان سر در آخور انزوای خود داشت تا زمانی که به «معجزة سیاست جدید کارتر», که آن را هم مبارزات پاکبازانة مجاهدین و فداییان و دانشجویان به پاخاسته به رژیم خودکامة و حامیان برونمرزیش تحمیل کرده بود, در ایران فضای نیمهبازی پدید آمد و بند زبانها گشاده شد و تاختن بر خودکامگی شاه و همبستگانش همهگیر شد, خمینی نیز, بسا عقبتر از دیگر پای درراهان, بااحتیاط تمام, قدم به میدان مبارزة سیاسی با رژیم خودکامة شاه نهاد.